猪繁殖与呼吸综合征病毒CH-1R株全基因组序列测定及遗传变异分析
2010-08-07石文达刘永刚王洪峰王淑杰武佳斌蔡雪辉
石文达,刘永刚,王洪峰,王淑杰,马 平,徐 敏,武佳斌,蔡雪辉
(中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室/猪传染病研究室,黑龙江哈尔滨150001)
猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)是一种严重危害养猪业的传染病,表现为母猪繁殖障碍和仔猪及生长猪呼吸系统障碍[1]。1987年,美国首先报道了该病的发生。PRRS自20世纪90年代中期在我国发现以来,现已广泛存在,并且疫情较为严重[2-3]。Meulenberg等1993年首先完成了第一个欧洲型PRRS病毒(PRRSV)分离株Lelystad的全基因组克隆和测序,随后,美洲型分离株的全基因组测序相继被完成。Faaberg等2001年对商品化疫苗株RespPRRS MLV进行了全基因组测序,并与亲本株ATCC VR-2332的全序列进行了比较分析,数据显示只有ORF7基因和3'UTR区域未发生变异。而国内对致弱毒株的全基因组测序报道较少。
本研究通过对国内的PRRSV致弱疫苗株CH-1R株进行全基因组的克隆和测序,填补了我国PRRSV致弱毒株基因组信息数据的空白,同时对了解PRRSV致弱毒株的基因型及防制具有重要的意义。
1 材料和方法
1.1 病毒株 PRRSV为CH-1R株[4],由中国农业科学院哈尔滨兽医研究所保存[5]。本研究采用CH-1a致弱毒株的第171代,即CH-1R株。
1.2 菌种、质粒和试剂E.coliJMl09菌种由本室保存;克隆载体pMD18-T载体和常用工具酶及试剂盒购自宝生物技术工程(大连)有限公司。
1.3 引物设计 根据GenBank中登录的16株PRRSV全基因组序列,用Oligo 6.0软件经多重比较后,设计8对顺序重叠的特异性引物(如有需要,作者可以提供)。
1.4 病毒的增殖与RNA的提取 将病毒在Marc-145细胞中培养,收获病毒。按TRIzol LS试剂说明书操作方法,提取病毒总RNA。……
