2003年年初，发改委决定委托中国工程院对清华和上海交大这两个方案进行性能评估。中国工程院以信息与电子工程学部主任陆建勋院士为评估组组长，组成了一个由40人组成的专家评估团，并在2003年春节过后进行了严格测试。但在清华测试之后，上海交大以自己的两套样机出现故障为由，申请延迟一周检测。这时，工程院请求清华做出让步，即同意张文军回去再拿两套样机，清华最初表示抗议，但随后还是做出了让步。

一星期之后，张文军从美国调来了一套与一周前完全不同的样机，并进行了测试，但是结果仍不理想。不过，中国工程院专家组此时给出了一个调和的评估：“两家方案都有很大进步，并且都有自主知识产权，但需求不明。”

“当时我在会议上说，我们都是体操运动员，我们都苦练了多年，现在国家要选一个去参加世界比赛，而且在比赛过程中，规定了一套非常严格的规则程序，然后我们在台上做完了一套规定动作，对方却说因为生病而不能进行比赛。我觉得这是一种不合理、不正当的竞争。”提起这件事，杨知行愤怒地对记者表示，当时的种种迹象表明，某些强大的压力已使这次本应公正的测试变成了一种并不公正的“游戏”。

“清华不是弄不到钱，当时国外至少有15家风险投资商想要投资，但是我们一个也没有接受。”杨知行反问道，“为什么我们不要国外的资金，而非要从发改委的项目立项中申请经费呢？是因为这个标准牵扯到中国上万亿的市场，是新世纪里一个重大的产业转机，如果我拿了国外的钱，那么未来就会受到国外资本的牵制。……