沈丽娟，唐煜坤，肖春海△

1.上海市金山区中西医结合医院检验科，上海 201500；2.上海市第六人民医院金山分院检验科，上海 201500

R语言是在统计学上应用比较广泛的一款开源、免费软件，具有强大的建模、统计、数据处理和可视化功能。R语言操作简单，非计算机专业人员也可以掌握[1-2]。全国每年同步开展2次临床检验专业医疗质量控制指标室间质评活动，其中临床实验室周转时间(TAT)的上报是该活动的主要内容之一[3-4]。TAT上报需要以实验室某个月的十万甚至百万级的检验数据作为基础数据，统计检验前和实验室内TAT，共162个指标。基层医院LIS统计功能很不完善，准确上报质量指标几乎不可能。本文仅以实验室内TAT统计为例，介绍如何使用R语言快速、批量生成其中的87个质量指标，为LIS中TAT统计功能不完善的实验室提供一个借鉴方法。

1 材料与方法

1.1材料来源 选取上海市第六人民医院金山分院2020年12月住院和门诊患者的生化、自动化免疫、“三大常规”、凝血四个专业的检验数据，涉及的项目依次是血钾、肌钙蛋白、白细胞计数、国际标准化比值(INR)、尿常规、甲胎蛋白、促甲状腺激素和丙氨酸氨基转移酶。信息科人员预先从LIS数据库中抽取数据，生成两个“Sheet”(表单)，此两个表单的名称分别为“专业TAT”和“项目TAT”，并放于同一个Excel文件中，取名为“TAT.xlsx”。“专业TAT”表单的列名至少包括：类别、科室、仪器名称、采样到签收时间、签收到发布时间。“项目TAT”表单的列名至少包括：类别、科室、项目代码、仪器名称、采样到签收时间、签收到发布时间。

1.2主要设备和软件 联想T460p电脑，R-4.0.4，RStudio-1.2.5019。

1.3方法

1.3.1TAT目标值 根据《上海市三级综合医院评审标准(2018版)》与《临床实验室质量指标：WT/S 496-2017》[5-6]，结合上海市第六人民医院实际情况，经过与临床沟通制订了本实验室的TAT，并把目标定为TAT 90分位数小于实验室规定TAT。

1.3.2按照专业进行TAT统计 把准备好的“TAT.xlsx”表格数据放于R的工作路径目录下，在R中运行代码。利用ggplot函数和geom_boxplot函数结合geom_signif函数的统计功能，设置其参数“test=Wilcox.test”，可以实现每个专业不同类别之间的两两比较。4个专业的可视化图用plot_grid函数进行拼图。

1.3.3按照项目进行TAT统计 确认“TAT.xlsx”表格数据放于R的工作路径目录下，在R中运行代码。

1.4统计学处理 用R-4.0.4中的分位数函数“quantile()”作为基础统计函数，结合“tapply()”函数进行分类统计。不同分组中的TAT分布比较用“wilcox.test”进行非参数检验，P<0.05为差异有统计学意义。

2 结 果

2.1按专业分类实验室内TAT分位数统计结果 批量生成的各个专业的TAT 50分位数和90分位数结果见表1。生化的急诊、门诊和住院，三者之间TAT分布差异有统计学意义(P<0.01)。自动化免疫的门诊和住院之间的TAT分布差异有统计学意义(P<0.01)。“三大常规”(血常规、尿常规、大便常规)的急诊和住院之间，门诊和住院之间的TAT分布差异均有统计学意义(P<0.01)。凝血的急诊和住院之间，门诊和住院之间的TAT分布差异均有统计学意义(P<0.01)。见图1。

表1 实验室内TAT按专业统计结果表

图1 各专业中不同标本类别之间的实验室内TAT分布比较图

2.2按检验项目分类实验室内TAT统计结果 急诊、门诊和住院类别检验项目的TAT 90分位数都在实验室规定的TAT之内。见表2。

表2 实验室内TAT按项目统计结果表

续表2 实验室内TAT按项目统计结果表

3 讨 论

临床检验的日常工作会产生大量的数据，特别适合用R语言进行简单的数据分析并应用于科室管理中。关于实验室内的TAT报道多集中于其重要性以及分析现状和持续改进[7-8]，本文则主要介绍本实验室如何利用R语言批量、准确且快速地获取TAT分位数以及简单的可视化。

本文代码预先用tapply函数自建了分组统计的50分位数和90分位数的函数，方便后面应用。filter函数主要用于数据的筛选，ifelse主要用于每行数据的自定义分类。数据处理主要以tidyverse包为基础，利用ggsignif包的统计功能结合cowplot包中图形处理函数进行可视化。另外tidyverse包已经包含了dplyr数据处理包和ggplot2画图包。

上海市第六人民医院金山分院的患者类别只分为住院和门诊，急诊科也只分为住院和门诊。不同于其他医院设置独立急诊化验室[9]，门诊和急诊则共用一个化验室，负责全院急诊生化、凝血和“三大常规”。因此，本文代码根据不同仪器的检验项目，利用ifelse函数转成不同的专业。如将门诊患者中非急诊科并且无急诊生化检验的转为门诊类别，将急诊科就诊和进行急诊生化检验的其他科室的门诊和住院患者转为急诊类别，将住院患者中非急诊生化检验转为住院类别。可见，R语言可以针对每个实验室的特殊条件随时进行参数调整，相比LIS集成的统计功能更灵活。

通过P值可以直接看出各个标本类别TAT之间的差别是否有统计学意义。这也是普通LIS统计TAT所忽视的内容。

实验室内TAT分位数按项目分类统计中，实验室不同的仪器可以使用相同的项目代码，所以项目的类别用filter函数根据患者类别和仪器条件重新进行了筛选。

剩余TAT最短的是必须需要关注的，它提示如何改进；剩余TAT最长的则提示是否还可以适当缩短规定TAT，以提高临床服务能力。通过TAT的分析还可以间接了解各个岗位人员的安排是否合理，甚至为了平衡剩余TAT可以适当进行人员和工作任务的调整[10]，以优化科室管理[11]。

R语言具有易学性，而且在统计和作图方面功能强大，检验人员通过R语言学习完全可以对自己的实验室TAT进行快速、准确统计，使临床实验室质量指标的上报更加准确。R语言也是重要的医学科研统计工具，所以R语言在检验科科室管理、质控分析和科研中都有广泛的应用[12]。