葛品序 罗晨铭 张中祺 袁腾飞 侯宇川 (吉林大学第一医院,吉林 长春 130021)

全球每年确诊约有43万新发肾癌病例,死亡18万例〔1〕。肾癌起病隐匿,早期常无明显症状或体征,进展时期可能有腰痛和血尿的表现〔2〕。肾透明细胞癌(ccRCC)是最常见的肾癌类型,占所有病例的60%和转移性病例的75%～80%〔3〕。多种因素共同导致ccRCC患者的预后存在显著差异,包括临床分期、组织病理学和基因突变层面上的差异等等〔4〕。传统的肿瘤淋巴结转移(TNM)分期系统和患者的临床病理特征预测风险分层与预后实际上并不令人满意。因此,需要开发新的预后模型用于更加准确的预测患者预后状态。

双硫死亡是一种不同于铁死亡〔5〕、铜死亡〔6〕及凋亡〔7〕等的新型死亡方式。其致使细胞内过量胱氨酸积累导致的二硫化物应激引起的快速死亡形式诱导肿瘤细胞双硫死亡,可以抑制肿瘤细胞的生长和疾病进展〔8〕。LncRNA是长度大于200个核苷酸的非编码RNA,在肿瘤的发生和转移中起着重要作用〔9〕。目前,双硫死亡相关lncRNA(DR-lncRNA)对ccRCC患者预后影响尚未清楚。本研究全面分析了DR-lncRNA在ccRCC的预后和免疫景观中的作用,并进行了风险模型的构建,该模型具有比传统临床变量更高的预测准确性,并为促进对ccRCC生物学的理解和开发新兴治疗方法提供了观点。

1 材料和方法

1.1数据下载与整理 从癌症基因组图谱(TCGA,https://portal.gdc.cancer.gov/)下载ccRCC患者542份肿瘤组织和72份正常组织肾脏样本的转录本数据和临床信息数据〔10〕,纳入标准为患者均有完整的临床信息(TNM分级、分期、性别、年龄和生存数据)排除生存时间<30 d和临床信息不全的样本,最终得到506份肿瘤组织和72份正常组织的肾脏样本。有研究〔11〕证明了15个双硫死亡相关基因(DRGs),包括:FLNA、FLNB、MYH9、TLN1、ACTB、MYL6、MYH10、CAPZB、DSTN、IQGAP1、ACTN4、PDLIM1、CD2AP、INF2、SLC7A11。通过Perl软件,本文对转录组数据进行整理,得到了转录组的lncRNAs和蛋白编码mRNA,继而从mRNA中提取DRGs。筛选与ccRCC显著相关的lncRNA,采用R语言中“limma”包行Pearson相关性分析,筛选标准为Pearson相关系数(PCC)>0.4且P<0.001,分析ccRCC患者肿瘤样本中lncRNA和DRGs表达之间的相关性,筛选出与DRGs相关的lncRNA。

1.2DR-lncRNA预后模型的构建 使用“caret”包将数据集按照1∶1随机分为训练集和验证集。……