白 飒,刘保华,闫荣军,赵 辉,孙连波,张 涛,韩焕美

2019年12月发现的新冠肺炎疫情(COVID-19)是由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引发的一种呼吸道传染疾病,是继人冠状病毒229E(HCoV-229E)[1]、HCoV-OC43、急性严重呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)、HCoVNL63[2]、HCoV-HKU1[3-4]和中东呼吸综合征冠状病毒(MERSCoV)[5]后第7种能感染人类的冠状病毒。因其传播速度快、传染性强等特性被世界卫生组织(World Health Organization,WHO)宣布成为“国际公共卫生紧急事件”,2020年3月WHO将COVID-19定义为全球性大流行病[6-10]。疫情造成的死亡人数已远超2003年SARS大流行,对全球的健康、经济和社会造成沉重的负担[11-12]。

SARS-CoV-2为单股正链RNA病毒,基因组全长约30 kb。随着病毒的持续流行,SARS-CoV-2目前已经进化出多种基因型和进化分支。本研究对3例输入性新冠肺炎病例的呼吸道标本开展核酸检测和二代高通量全基因组测序,并对基因序列进行变异分析和同源性分析,从分子流行病学角度为济南市新冠疫情防控工作提供参考依据。

1 材料与方法

1.1 样本来源 根据《新型冠状病毒肺炎诊疗方案(试行第九版)》中新冠病毒样本采集和检测技术指南[13],对济南口岸入境的SARS-CoV-2 无症状感染者采集鼻咽拭子样本,编号分别为样本1-RJ091,样本2-RJ034,样本3-RJ136。

1.2 仪器和试剂 GeneRotex 96 全自动核酸提取仪和病毒RNA提取试剂均购自西安天隆科技有限公司;新型冠状病毒2019-nCoV核酸检测试剂盒(荧光PCR法)分别购自上海伯杰医疗科技有限公司、江苏硕世生物科技股份有限公司、武汉明德生物科技股份有限公司;ABI QuantStudio Q3/Q5以及台式荧光计-Qubit4均购自赛默飞世尔科技公司(Thermo Fisher Scientific);DNBSEQ-E5基因测序仪,测序试剂DNBSEQ-E5RS Sequencing Kit(SE100)及集成测序载片DNBSEQ-E5RS Integrated Flow Cell均来自于深圳华大智造科技股份有限公司。……