林 琦,黄枝妙,曾志伟,陈 炜,陈明建,翁育伟

新型冠状病毒感染(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)是由新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)引起的急性呼吸道传染病。SARS-CoV-2属于β属冠状病毒,主要通过呼吸道飞沫和密切接触等途径传播[1-3]。随着全球COVID-19持续流行,SARS-CoV-2不断发生变异并导致其传播力和致病性发生改变。目前,Omicron变异株已成为国内外主要流行毒株,虽然在流行过程中其致病力明显减弱,但其潜伏期缩短(2～4 d)、传播力变强、传播速度变快,免疫逃逸能力增强,对全球COVID-19防控提出了新挑战[4-5]。

及时发现各种SARS-CoV-2的新型变异株,了解其生物学及流行病学特征,是当前COVID-19防控的重要手段,因此高通量测序技术大量应用于新冠疫情防控工作中。目前,SARS-CoV-2高通量测序主要包括Illumina[6]、Ion Genestudio S5[7]和MGI[8]等二代测序平台,以及Oxford nanopore[9]和Pacific bioscience[10]等三代测序平台。其中Illumina和Oxford nanopore使用的更为广泛。不同测序平台的测序结果各有优缺点,如以Oxford nanopore为代表的三代测序平台的测序速度快,但其测序的精度尚有不足;而以Illumina为代表的二代测序平台的测序精度高,但耗时较长,测序过程相对复杂[11-12]。在新冠防控工作具体实践特别是在新冠疫情处置中,对测序要求既要“快速”又要“精准”,因此需要兼顾测序的实效性和精确性。本研究采用三代和二代测序联用的方式,测定了福建省2例BQ.1进化分支病毒感染的输入性COVID-19的病毒全基因组序列,并对其进行了变异和进化分析。在及时准确判断病毒变异类型的前提下,为研判和预测疫情提供了准确的病原学信息。

1 材料与方法

1.1 病例基本信息 病例A和B均为男性,波兰人,年龄分别为65岁和63岁,同为某船务代理公司船员。……