许 醒，蔡林峰，张倩楠，杨启正，梁珊珊，李铭殷，李 翀，杨朝勇，2*

（1．厦门大学 化学化工学院，福建 厦门 361005；2．上海交通大学 分子医学研究院，上海 200217）

17世纪中叶，荷兰显微镜学家列文虎克与英国科学家胡克发现了细胞，揭开了生命体基本单位—细胞的面纱。由于细胞增殖、分化和代谢等过程受到细胞内在生命活动以及周围微环境的影响，不同细胞在细胞大小、化学组成、生物活性、生理响应对象以及响应时间等方面存在异质性。为了解码各种类型细胞的身份、特征和功能状态，单细胞分析应运而生，其通过对单个细胞的形态学、遗传学分析，从而了解不同组织、器官及生命体的特征，探究不同生命活动的发生过程。单细胞测序是单细胞分析中的重要组成部分，其以细胞内的RNA、DNA等核酸分子作为研究对象，利用测序技术进行结构与序列解析，为细胞异质性研究提供可靠、准确的研究手段及观测视野，为揭示生物发育规律、疾病发生发展机制等提供了重要的技术手段［1-2］。2019年，“单细胞多组学技术”被Nature Methods评为年度技术方法；2020年，“空间转录组技术”被Nature Methods评为年度技术方法；2022年，空间多组学被Nature评为值得关注的七大技术之一。至此，单细胞测序分析朝着多维度、空间化方向发展。本文将围绕单细胞和空间转录组分析，系统讨论近几年单细胞转录组测序、单细胞多组学测序及空间转录组分析的研究进展，并总结及展望其未来的发展方向。

1 单细胞转录组测序分析

单细胞转录组测序（scRNA-seq）通过对单个细胞内的RNA（~10 pg）进行提取及文库制备，利用高通量测序技术读取文库序列获得全转录本信息，以辨别细胞类型、状态与功能，阐明细胞异质性及进化轨迹等。……