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藜芦bHLH转录因子分析鉴定

2022-07-21寇呈熹佟金泉薛哲勇麻鹏达

中草药 2022年14期
关键词:植物

寇呈熹,佟金泉,马 瑞,孙 伟,薛哲勇*,麻鹏达*

藜芦bHLH转录因子分析鉴定

寇呈熹1, 2,佟金泉3,马 瑞4,孙 伟5,薛哲勇1, 2*,麻鹏达3*

1. 东北林业大学 东北盐碱植被恢复与重建教育部重点实验室,黑龙江 哈尔滨 150040 2. 东北林业大学 黑龙江省植物天然活性物质的合成与利用重点实验室,黑龙江 哈尔滨 150040 3. 西北农林科技大学生命科学学院,甘肃 杨凌 712100 4. 吉林省农业科学院 生物技术研究所 吉林省农业生物技术重点实验室,吉林 长春 130033 5. 中国中医科学院中药研究所 中药鉴定与安全性评估北京市重点实验室,北京 100700

基于转录组数据,利用生物信息学方法鉴定藜芦bHLH转录因子基因家族,并作初步分析。通过隐马可夫模型从藜芦转录组序列中筛选基因,并使用ExPASy、MEME等在线网站及MEGA、TBtools等软件对藜芦bHLH进行理化性质、保守基序等可视化分析。在藜芦转录组中共鉴定到72条bHLH转录因子,VnbHLH转录因子氨基酸数目为105~692,等电点介于4.69~11.47,相对分子质量为11 071.2~77 795.3,亚细胞定位分析显示VnbHLH均定位于细胞核中;系统发育分析将VnbHLH转录因子分为6个亚族,VnbHLH在不同组织中表达差异显著,Vn_54312、Vn_14037在根中表达较高,推测其可能参与了藜芦植物根部某些生物碱的合成。根据转录组数据分析了药用植物藜芦中的bHLH转录因子基因家族,有助于下一步对藜芦bHLH转录因子家族功能预测及验证。

藜芦;转录组;bHLH转录因子;系统进化;基因表达

藜芦L.为百合科(Liliaeeae)多年生单子叶植物,全世界约有40种,分布于亚洲、北美和欧洲,中国约有17种,常见于高海拔、潮湿、酸性的土壤环境[1]。……

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