肖 颖，武雅婷，赵婉妤,2，崔学文，黎 明，许 欣

沙门菌(Salmonella)是革兰阴性人兽共患病原菌，与人类食源性疾病密切相关。近年来，由沙门菌引起的食源性疾病暴发事件与日俱增。2010-2018年，四川省食源性疾病暴发事件中，44.01%由沙门菌感染引起，其中成都市的发病人数居四川省首位[1]。了解成都市沙门菌的基因组特征对于监测与防控沙门菌引发的食源性疾病具有重要意义，但目前未见成都市人源沙门菌全基因组分析及报道。

沙门菌的血清型种类复杂，截止目前，世界范围内已经发现了2 659种不同的沙门菌血清型[2]。然而传统的血清学分型方法工作量大、耗时长，全基因组测序(whole genome sequencing，WGS)作为一种快速且分辨率更高的方法，可通过测序数据预测血清型、分析耐药基因与毒力因子等，国外已有学者将其运用在沙门菌的监测与疫情调查中[3-5]。研究表明[6]，WGS与常规血清学分型方法的符合率为97.6%，具有广阔的应用前景。

因此，本研究对成都市35株人源沙门菌分离株进行全基因组测序，预测其血清型、耐药基因及可移动遗传元件(mobile genetic elements，MGE)，注释并分析其毒力因子及分布，以探究成都市人源沙门菌耐药与毒力分子特征，为深入研究沙门菌致病机理、监测与预防沙门菌感染提供参考依据。

1 材料与方法

1.1 菌株来源 35株临床沙门菌，分离自2020年5-6月的腹泻患者粪便，菌株来自成都市青羊区(14株)、郫都区(7株)、成华区(4株)、金牛区(3株)、武侯区(2株)、天府新区(2株)、新都区(2株)、锦江区(1株)8个行政区，菌株分离与收集由成都市疾病预防控制中心完成。……