基于生物信息学筛选并验证上皮性卵巢癌差异microRNA及下游mRNA*
2022-06-07陈江静刘美琳韦丽婷黄玲玲
韦 怡,甘 翔,陈江静,刘美琳,韦丽婷,黄玲玲△
(1.广西医科大学第一附属医院 南宁,530021;2.桂林医学院科学实验中心 桂林,541000;3.广西疾病蛋白质组学研究重点实验室 桂林,541000)
卵巢恶性肿瘤是女性生殖器常见的三大恶性肿瘤之一,分为多种类型,其中以上皮细胞来源的上皮性卵巢癌(epithelial ovarian cancer,EOC)最为常见,约占所有卵巢肿瘤的90%[1]。卵巢恶性肿瘤早期常无明显症状,单独使用糖类抗原125(CA125)、阴道超声进行筛查时易漏诊[2-3]。病变发现时多已至晚期[4],晚期卵巢癌(ovarian cancer,OC)5 年生存率,国际妇产科学联合会(FIGO)Ⅲ期仅为34%,Ⅳ期仅为15%[5]。因此了解EOC 发生发展的分子机制并制定有效的诊疗策略极为重要。
近年来,关于微小RNA(microRNA)功能与疾病的关系的研究是一个热点。microRNA是一类含有约22个核苷酸的小内源性非编码RNA分子[6],通过与信使RNA(mRNA)分子中的互补序列的碱基配对,在RNA沉默和转录后基因表达调控中起着关键作用。有研究表明,microRNA 是基因表达和细胞周期调控机制的关键因子,对维持OC 细胞的分化状态起重要作用[7]。本研究主要运用GEO(gene expression omnibus database)多个芯片的数据进行分析以提高样本量,同时借助GEPIA2(gene expression profiling interactive analysis)在线网站中TCGA(the cancer genome atlas)和GTEx(genotype-tissue expression)的数据对预测mRNA 进行筛选,提高数据可靠性。通过对EOC microRNA-mRNA 的分析及验证,寻找提示EOC的潜在的生物标志物。
1 材料与方法
1.1 数据收集及处理 在GEO DataSets(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,2022-02-12)中,以“microRNA and ovarian cancer”为关键词进行搜索,剔除细胞系或EOC 患者血清样本或以正常输卵管作为对照组的EOC 数据集,筛选出包含正常卵巢组织和EOC组织样本的数据集,分为对照组和EOC组。利用sva包进行归一化处理,limma包进行数据差异分析,满足|log2FC|>1 且adj.P.Val<0.05 为差异microRNAs。……
