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高灵敏液相色谱—质谱联用方法用于HIV-1感染细胞中胞苷修饰全分析*

2022-06-07郑瑞丽周欧路褚洁梅安三奇蒋俊俊

广西医科大学学报 2022年5期
关键词:分析检测方法

郑瑞丽,周欧路,褚洁梅△,安三奇,蒋俊俊,叶 力,梁 浩△

(1.广西医科大学生命科学研究院 广西医科大学再生医学与医用生物资源开发应用省部共建协同创新中心,南宁 530021;2.广西医科大学公共卫生医学院 广西艾滋病防治研究重点实验室,南宁 530021;3.玉林市第一人民医院,玉林 537000)

DNA甲基化为真核生物中普遍的修饰方式,包括5-甲基胞苷(5-mdC)以及通过TET家族蛋白逐步催化氧化形成5-羟甲基胞苷(5-hmdC)、5-醛基胞苷(5-fdC)和5-羧基胞苷(5-cadC)[2-4]。5-fdC和5-cadC会被DNA 胸腺嘧啶糖苷酶识别并割断糖苷键去除碱基形成AP 位点,再通过碱基切除修复途径将正常未修饰的胞嘧啶填补到AP 位点,实现主动去甲基化的过程。DNA 甲基化和去甲基化的动态平衡与癌症、急性淋巴细胞白血病和阿尔兹海默症等多种疾病的发生、发展密切相关[5-6]。然而目前关于DNA甲基化与HIV的研究鲜有报道。

液相色谱—质谱联用(LC-MS)被广泛用于化合物的定性和定量[7],是检测修饰核苷的主流方法[8]。然而由于5-fdC和5-cadC修饰含量极低,现有方法并不能直接在HIV-1 感染细胞内同时检测到4 种胞苷修饰,需通过一些前处理方法来提高LCMS 检测灵敏度[9]。本研究旨在建立一种同时检测胞苷修饰的化学标记结合LC-MS 的高灵敏分析方法,在LC-MS分析前采用2-溴-1-4-二乙氨基苯基乙酮(BDEPE)标记4 种胞苷修饰(5-mdC、5-hmdC、5-fdC和5-cadC),并用此方法分析HIV-1感染前、后的细胞DNA中4种胞苷修饰,为进一步研究胞苷修饰在艾滋病中的作用打下基础。

1 材料与方法

1.1 细胞、病毒和试剂

人类T 淋巴细胞系MT2 细胞由美国马萨诸塞大学医学院卢山教授惠赠。……

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