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结直肠癌差异基因筛选及功能预测*

2022-01-13谷媛项荣武翟玉萱魏峰杨雪莹关婷婷李晓慧韩涛

中国现代医学杂志 2021年24期
关键词:关键差异分析

谷媛,项荣武,翟玉萱,魏峰,杨雪莹,关婷婷,李晓慧,韩涛

(1.沈阳药科大学,辽宁 沈阳110016;2.北部战区总医院 医疗保障中心医学信息数据室,辽宁 沈阳110003;3.中国医科大学附属第一医院 肿瘤二科,辽宁 沈阳110000)

结直肠癌又称大肠癌,是最常见恶性肿瘤之一,在消化道肿瘤中,其发病率仅次于胃癌,并呈逐年上升的趋势。发生结直肠癌的危险因素包括饮食、肥胖、抽烟、运动量不足等,患有炎症性肠病(溃疡性结肠炎或克罗恩病)者患结肠癌的风险明显增加[1-2]。结直肠癌治疗方式包括手术、放射治疗、化学治疗、靶向治疗,然而其发病机制复杂,临床对于其病因研究仍在不断的探索中。由于结直肠癌早期症状不明显,且缺乏早期诊断的生物标志物,多数患者确诊多为中晚期,5年生存率仅为15.8%~27.9%,严重威胁患者的生命健康[3]。而早期检测为结直肠癌患者的存活率约为晚期癌症的5 倍。因此,寻找新的、早期诊断的结直肠癌肿瘤标志物至关重要。有研究表明,多种mRNA 参与结直肠癌发生、发展过程。本研究基于美国癌症肿瘤基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库对结肠癌组织及正常组织中的差异表达基因进行筛选,并探讨其相关分子机制。现报道如下。

1 材料与方法

1.1 数据提取

从TCGA 数据库(https://www.cancer.gov)下载所有结直肠癌mRNA 转录组数据,数据均为原始Count数据。将下载的转录组数据转移至同一目录,然后将数据整合处理成包含样本ID、样本名、患者一般资料、生存资料等数据的矩阵,共包含样本740 例,其中,结直肠癌组织有571 例,正常组织有169 例。……

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