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基于网络药理学和分子对接探讨甘草防治阿尔茨海默病的分子机制

2021-12-22马震东黄晓风朱思林郭晋言黄淑芸陈倩文杜以宽广东医科大学干细

广东医科大学学报 2021年6期
关键词:数据库

马震东,黄晓风,朱思林,郭晋言,黄淑芸,陈倩文,杨 春*,杜以宽 (.广东医科大学干细

胞与再生组织工程重点实验室,广东东莞 523808;2.东莞市人民医院中心实验室,广东东莞 523059)

阿尔茨海默病(AD)是一种以进行性脑神经元丢失和萎缩为特征的疾病,属中医领域“痴呆”范畴,主要因心脾二脏的气血不足、心神失养所致[1]。认知障碍是AD 和其他呆病的主要症状之一。甘草既善温运脾胃,又可除烦解郁,有补脾益气等功效,对认知障碍有保护作用[2]。临床应用中,甘草副作用小,在治疗神经退行性疾病中发挥一定作用,是中医治疗AD 最常用的十种中药之一[3]。

本文借助中药系统药理学数据库与分析平台TCMSP 结合疾病靶点数据库DisGeNET、Drugbank和OMIM,通过构建甘草活性成分作用靶点网络与AD 相关靶点网络相互映射来挖掘甘草防治AD 的主要活性成分及作用靶点,利用DAVID 数据库进行功能注释和富集分析,探究甘草防治AD 的作用机制通路,并通过Ledock 进行分子对接加以验证,试图为甘草药效物质基础和作用机制的实验研究提供大数据集成的理论依据。

1 材料和方法

1.1 甘草活性化学成分筛选及对应靶点信息的获取

通过TCMSP 数据库(http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php)获取甘草活性成分信息。以口服生物利用度(OB)≥30%、血脑屏障(BBB)≥-0.3、类药性(DL)≥0.18 为条件对甘草活性成分进行筛选。将符合条件的活性成分在Pubchem 数据库(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)中进行检索并校对,获取其2D 结构,保存为SDF格式。将收集到的2D结构导入到SwissTar‐getPredict 数据库进行靶点预测,以Possibility>0 为筛选条件,获取相关程度较高的甘草成分靶点信息。

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