基于GEO 数据库筛查小鼠缺血性卒中后心脏组织的差异基因
2021-12-21杨正飞
王 蕊,杨正飞
(宁夏医科大学中医学院,宁夏银川 750004)
缺血性卒中(cerebral infarction,CI)是栓子阻塞血管,使入颅血流量减少,引起脑组织供血障碍,继而出现相应神经功能受损的一类疾病,严重危害人类健康[1-3]。此外,CI 常会诱发其他器官的损害,尤以心脏损害多见,后者表现为心律失常、心肌损害、心电图改变、心肌酶谱异常甚至急性心肌梗死[4-7],进而加重病情,影响患者预后。目前,对CI 后诱发心功能障碍的机制研究较少[8],迄今尚未阐明。因此,本研究从GEO 数据库中获取MCAO 小鼠与Sham 小鼠左心室的基因芯片数据,分析二者存在的差异基因,以期分析缺血性卒中后诱导出现心功能障碍的机制,并为脑卒中相关心功能障碍的治疗提供依据;同时,为其他相关疾病的研究提供思路。
1 资料与方法
1.1 资料来源
以美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GEO DataSets 数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed)为检索对象,检索时间截止于2019 年12 月,以“Cerebral infarction and cardiac dysfunction”为关键词进行检索,获取24、72 h 两个时间点MCAO 小鼠与Sham 小鼠左心室中基因芯片数据GSE102558。
1.2 研究方法
下载基因芯片数据GSE102558,并通过R 语言软件进行编程、分析,设定筛选条件logFC 绝对值≥1,校正P<0.05,获取这两个时间点MCAO 小鼠与Sham 小鼠左心室中的差异表达基因;同时,利用R语言软件绘制差异基因的火山图和前20 位差异基因的热图。
1.3 GO 和KEGG 富集分析
利用DAVID 6.8(https://david.ncifcrf.gov/)在线分析工具,对24 h 和72 h 的MCAO 小鼠与Sham小鼠左心室中的差异表达基因进行GO 功能富集分析和KEGG 通路富集分析[9]。其中,以小鼠为物种筛选条件,设置Select Identifier 为“Official Gene Symbol”,List Type 为“Gene List”,选择生物过程、细胞组成和分子功能模块对差异基因进行GO 功能富集分析;……
