龙冬玲，黄辉涛，魏泉德，黄文燕

2019年12月，新型冠状病毒(SARS-CoV-2)在武汉被首次报道，目前该病毒在全球范围内已造成大流行[1]。截至北京时间2021年5月6日6时30分，全球累计确诊新冠肺炎病例155 790 320例，累计死亡3 254 439例，全球单日新增确诊病例857 854例[2]。新型冠状病毒属于β属冠状病毒，是迄今为止被发现的冠状病毒中第7种可以使人类致病的冠状病毒，其全基因组包含近30 000个核苷酸碱基，由14个蛋白编码区域构成。目前研究显示，新型冠状病毒与蝙蝠类SARS样冠状病毒基因组相似性最高，与导致人类感染的其他冠状病毒差异较大。新型冠状病毒全基因组测序可提示病毒的变异情况和揭示传染病的传播途径，对疾病防控策略的制定具有重要意义。珠海市于2020年1月19日检出首例新型冠状病毒肺炎病例，截止至2021年5月5日24时，全市累计确证病例113例，其中15例为境外输入病例[3]。为了解珠海市新型冠状病毒的变异和溯源情况，为后期及时准确追踪溯源病毒，我们选取了4份不同时期确诊为新型冠状肺炎病例的呼吸道标本进行测序分析，现将结果分析如下。

1 材料与方法

1.1 样本来源 4份上呼吸道样本均采集于珠海市2020年1月至12月确诊为SARS-CoV-2病例患者标本，其中咽拭子样本3份，鼻咽拭子1份。采用中山达安基因股份有限公司的新型冠状病毒2019-nCoV核酸检测试剂盒检测，确诊病例疾病分型参照新型冠状病毒肺炎诊疗方案(试行第七版)[4]，具体样本信息见表1。

表1 标本信息Tab.1 Sample information

1.2 全基因组文库构建和测定 采用病毒核酸提取试剂盒(Qiagen RNeasy Mini Kit，货号：74104)提取200 μL样本的总RNA；……