戴嘉婧 韩馨乐 钟福波 林哲广 江淑琪 韦伟 方征宇

乳腺癌是女性患病率最高的恶性肿瘤，也是女性患癌死亡的主要原因[1-2]，其分子亚型之一的三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)因免疫组化特征缺乏雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)及表皮生长因子受体2(HER2)而缺少靶向治疗[3]。有临床研究发现，不同年龄段TNBC术后病人的临床病理特征相近，而年龄越小，预后越差[4]。目前寻找可靠的生物标记物来识别TNBC是药物研发领域的首要难点。近年来很多非编码RNA标记物,如miRNA、lncRNA、circRNA都随着测序技术得以发现。本研究利用生物信息学方法对从北京大学深圳医院甲状腺与乳腺外科收集到的1例TNBC病人手术样本测序结果的circRNA表达谱进行分析，筛选TNBC癌组织与癌旁组织中差异表达的circRNA，并预测circRNA下游可能的miRNA及靶基因，为寻找circRNA在TNBC中的调控途径及分子靶点的探究提供参考。

资料与方法

一、 数据来源

收集到1例在北京大学深圳医院甲状腺与乳腺外科接受手术治疗的TNBC病人手术样本，分析TNBC与癌旁组织转录组测序结果差异表达的circRNA。

二、方法

1. TNBC与癌旁组织差异表达circRNA的筛选 ：设定筛选条件为癌组织相对癌旁组织表达量变化≥5倍且P<0.05，得到差异表达的circRNA。

2.差异表达circRNA可能结合的miRNA及靶基因预测：分别选取在差异基因中表达上调或表达下调最显著的circRNA即 |logFC| 排在前5共10个circRNA。通过RegRNA2.0 网站(http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/)预测这10个circRNA可能结合的miRNA。再通过三个生物信息学网站miRDB(http://mirdb.org/)、TargetScan(http://www.targetscan.org/mamm_31/)及RNAInter(http://www.rna-society.org/raid/search.html)预测每个miRNA的靶基因(mRNA)[5-8]。设定筛选条件为三个网站预测得分大于80分的靶基因。

3.下游靶基因的功能分析:通过在线……