长茎葡萄蕨藻胁迫条件下RT-qPCR内参基因的筛选与验证
2021-11-19李恬静薇邹潇潇朱军鲍时翔
李恬静薇 邹潇潇 朱军 鲍时翔
(1. 河北农业大学海洋学院,秦皇岛 066000;2. 中国热带农业科学院热带生物技术研究所 海南省海洋生物资源功能性成分研究与利用重点实验室,海口 571101)
荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,RT-qPCR)是一种能够实时监测PCR产物扩增并对其进行简单的分析的方法,通过在反应体系中加入荧光物质,监测PCR过程中的荧光信号强度来进行分析。RT-qPCR具有灵敏度高,特异性强、重复性好、操作简单便捷等优点[1-2]。RT-qPCR被广泛应用于基因表达研究中,然而RT-qPCR的准确性受到许多因素的影响,包括RNA样本质量和提取方法的差异,以及反转录和PCR的效率[3-5],所得的结果需要进行校准后才具有生物学意义。
最常用的RT-qPCR校准方法是使用一个或多个内参基因。内参基因作为参照的基因在各组织细胞中稳定表达,在研究基因的表达水平中常被用作数据的校准,以消除RT-qPCR不同样品的差距和RT-qPCR操作中的误差。最普遍使用的内参基因为内源性参照基因,也叫看家基因(持家基因),在生物体各细胞组织中都能表达,其表达产物是维持细胞生命活动必须的蛋白质,如肌动蛋白(Actin)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、微管蛋白基因(Tubulin)和核糖体蛋白(18S)等。但近年来越来越多的研究发现,这些常用内参基因在不同的物种,不同的组织细胞,不同的发育阶段和实验条件都存在较大的表达差异[6-7]。在拟南芥和杂交白杨不同组织中发现几种常用内参基因(TUB、Actin、UBQ和EF1a)的表达大多不稳定,如果使用不适当的内参基因会直接影响RT-qPCR的结果准确性[8]。……
