聂守民，罗波艳，孙养信，范锁平，常文辉，王宇萌，孙 杰，安翠红

鼠疫是一种原发于啮齿动物之间并能引起人间流行的烈性传染病，其发病急、传染性强、病死率高，在我国是法定的甲类传染病[1]。在人类历史上，曾发生过3次世界大流行，导致数亿人的死亡。在我国历史上，也曾发生过数次流行，严重危害了人民生命及经济发展。鼠疫也是一种自然疫源性疾病，能够长期在自然界循环传播。按照地理景观、宿主、媒介、鼠疫菌生态型等特点，将我国的鼠疫自然疫源地划分为12种类型[2-3]。榆林市定边县位于陕西省西北部，是陕西、甘肃、宁夏、内蒙古四省(自治区)的交界处。1987年首次被判定为鼠疫自然疫源地，属于内蒙古鄂尔多斯高原长爪沙鼠鼠疫疫源地的一部分。1987-1988年、2000-2001年、2006年分别发生过3次鼠间鼠疫流行，共分离获得66株鼠疫耶尔森菌。

鼠疫耶尔森菌是一种多宿主、多媒介的病原体[4]。鼠疫耶尔森菌的分型包括生物型、生态型及基因型。生物型与生态型由基因型决定，鼠疫耶尔森菌的分型工作对鼠疫预防控制策略的制定及流行病学研究具有重要的指导意义。目前，常用于鼠疫耶尔森菌基因分型的技术主要有差异区段分析(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列分析(CRISPR)、多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)[5-6]。可变数目串联重复序列(VNTR)是广泛存在于微生物基因组中的以相同或相似的核苷酸序列为重复单位的首尾相连序列[7]，同一物种不同个体的VNTR位点重复数可能不同，这就造成了种内的遗传多态性。……