基于网络药理学方法研究紫草对癌症疾病的作用机制*
2021-11-02钱薇褚明亮
钱薇 褚明亮
癌症为世界第二大死亡原因,其死亡率和发病率逐年攀升。临床治疗癌症大多以手术治疗和放化疗为主,其预后大多较差,存在生存率低、复发率高、多并发症等一系列问题[1-2]。紫草是紫草科紫草属植物,其功效为凉血活血、解毒透疹[3-4]。现代中医认为痰浊较盛、结聚成块为肿瘤的病因所在,紫草可凉血活血使热毒痈疡散去以达到其疗效。现代药理研究发现紫草可通过诱导细胞程序性凋亡、调节细胞通路活性、诱导ROS、抑制血管生成等方面抑制癌细胞生长繁殖[5]。但其药效物质基础及机制少有报道。因此该研究将在网络药理学的基础上分析紫草的抗癌作用机制,为其运用于临床提供更多的研究思路。
1 材料与方法
1.1 软件与数据库
UniProt数据 库(https://www.uniprot.org/), 中药系统药理学分析平台(TCMSP,https://tcmspw.com/tcmsp.php),DrugBank数 据 库(http://www.drugbank.ca/),Cyto-scape 3.7.1 软 件(https://cytoscape.org/),GeneCards数据库(https://www.genecards.org/),String数 据 库(https://stringdb.org/),Metascape数 据 库(http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1)。
1.2 紫草活性成分和靶点筛选
在TCMSP数据库中收集紫草的化学成分,时间截至2021年1月。并以类药性(drug-likeness,DL)≥0.18、口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%为条件筛选紫草的有效活性化合物,利用UniProt数据库除去非人源基因,把相应靶点蛋白名称转化为对应的靶点的Uniprot ID。
1.3 紫草活性成分-靶点网络的构建
通过TCMSP数据库收集“1.2”项下紫草中的活性成分的对应靶点,利用Cyto-scape 3.7.1软件构建活性成分-靶点网络图。
1.4 癌症靶点信息的筛选
在GeneCards数据库中输入“cancer”为疾病名称,使Relevance score≥12.43进行筛选,得到GeneCards数据库癌症相关靶点信息;并把“cancer”疾病关键词输入DrugBank数据库中进行搜索,得到DrugBank数据库癌症相关靶点信息。将以上两个数据库筛选后获得的靶点信息进行合并。……
