基于生物信息学的心梗患者血小板中差异基因筛选及调控网络分析
2021-10-29崔胜宇
崔胜宇,徐 林,浦 湧,夏 豪
(1. 武汉大学人民医院心内科,武汉大学心血管病研究所,心血管病湖北省重点实验室,湖北 武汉 430060;2. 武汉市汉南区人民医院,武汉大学人民医院汉南医院,湖北武汉 430060)
心肌梗死(MI)是最严重的心血管疾病之一,发病率和死亡率很高[1],主要是由于多种原因包括冠状动脉内血栓形成导致的冠脉长时间闭塞,引起心肌细胞缺血缺氧后坏死。血小板在冠脉内血栓形成过程中发挥重要作用,血小板的聚集和功能活化是导致MI 的重要原因之一,因此临床针对心血管疾病的治疗最常见的手段之一就是抗血小板治疗。相关研究表明,检测分析血小板RNA 的表达可以为血小板的正常止血和血栓形成功能,以及血小板如何参与心梗发作,反应和预后提供新的见解[2]。本文通过检索挖掘GEO 数据库,利用生物信息学的相关方法,筛选心梗患者与正常人血小板miRNA及mRNA 差异表达基因,构建miRNA-mRNA 调控网络,并对结果进行生物学功能及信号通路富集分析,揭示血小板的表达与功能改变。
1 材料与方法
1.1 数据来源
在GEO 数 据 库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)分别检索心梗病人的miRNA 及mRNA表达谱芯片数据。 miRNA 芯片数据来源于GSE24548,mRNA 芯片数据来源于GSE24519。
1.2 差异表达基因的筛选
使用GEO 数据库下的GEO2R 进行表达谱数据分析,GEO2R 是基于R 语言的在线分析工具,使用到Biobase、GEOquery 及limma 包进行数据分析,以|logFC|>1、P<0.05 为筛选条件进行差异miRNA 及mRNA 的筛选。使用R 语言中的ggplot2 包进行差异miRNA 的火山图绘制。
1.3 靶基因的预测及提取交集
使用FunRich 3.1.3 软件中的寻找miRNA 靶基因功能进……
