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绝经后女性骨质疏松相关基因的生物信息学分析

2021-10-27邓禹黄禾金鸿雁

生殖医学杂志 2021年10期
关键词:数据库差异分析

邓禹,黄禾,金鸿雁

(北京大学第一医院妇产科,北京 100034)

随着人口老龄化的到来,我国有1.2亿女性正在经历向更年期的过渡,这约占世界更年期女性人口的23%[1]。更年期女性在绝经时,由于雌激素缺乏引起许多健康问题,如骨密度(BMD)降低、关节疼痛、潮热、睡眠障碍等症状,严重影响生活质量[2]。据报道,绝经后骨质疏松(PMOP)的发生率为30%~55%[3],预防和治疗骨质疏松(OP)对避免PMOP的发生至关重要[4]。尽管已有研究分析了影响OP进展的关键分子,但是我们对影响PMOP发生和进展相关基因的了解仍不详尽,需要深入研究[5]。

骨的发育和维持是一个动态平衡的过程,这一过程受到骨破骨细胞和成骨细胞的共同影响[6]。外周血单核细胞(PBMs)是一个研究OP的合适细胞模型[7]。对于成人外周骨骼(如股骨)来说,PBMs是破骨细胞前体的唯一来源[8]。PBMs被招募到骨重塑部位后,在接受特定刺激后形成破骨细胞[9]。研究表明,PBMs可以通过分泌一些细胞因子影响破骨细胞分化、活化和凋亡[10]。PBMs可以通过转化生长因子-β(TGF-β)促进破骨细胞的形成[11]。PBMs的异常与OP密切相关[12]。因此,本研究利用NCBI中的GEO基因芯片公共数据库进行数据分析,选择芯片数据(GSE56815)作为分析对象,筛选差异表达基因,并对上调差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,利用String数据库分析关键上调差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,深入了解关键差异表达基因的生物学功能,以期筛选出影响PMOP发生和进展的关键分子。

材料与方法

一、研究对象及分组

利用NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)中的高通量基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)公共数据库进行芯片数据搜索[13]。……

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