李加爱，陈丽彬，柳斌彬，赵子瑜，俞烈超，尹孟雄，张 莹，龚 理

(浙江海洋大学海洋科学与技术学院，国家海洋设施养殖工程技术研究中心，海洋生物种质发掘与利用国家地方联合实验室，浙江舟山 316022)

绝大多数后生动物的线粒体基因组是一个大小为15～20 kb的双链闭合环状DNA 分子，共编码37 个基因，包括22 个转运RNA (tRNA) 基因、13 个蛋白编码基因(PCGs)和2 个核糖体RNA (rRNA) 基因；此外基因组中还有1 段长的非编码区，称为控制区(control region,CR) 或AT 富集区(AT-rich)[1]。由于线粒体基因组具有结构简单、组成稳定、排列保守、不同基因进化速率各异等特点，加上近年来测序技术的迅猛发展，其已被广泛应用于物种鉴定、群体遗传分化以及系统进化等研究领域[2-4]。

梭子蟹隶属于十足目Decapoda 短尾次目Brachyuran 梭子蟹科Portunidae，主要分布于日本、朝鲜、马来群岛、红海以及我国大陆绝大部分沿海海域。梭子蟹科种类丰富，据WoRMS 网站记载(http：//www.marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id=106763&allchildren=1)，目前该科包括62 属665 种，我国约有60 余种。很多梭子蟹科种类肉质鲜美、营养丰富，具有较高的经济价值，在海洋渔业中占有重要的经济地位，如三疣梭子蟹Portunus trituberculatus、红星梭子蟹P.sanguinolentus、日本蟳Charybdis japonica 和锈斑蟳C.feriata 等[5]。

当前大部分研究都聚焦在梭子蟹的渔业资源、生态习性、生长繁殖及疾病等方面[6-8]，而少有研究系统地关注梭子蟹科的进化历程及亲缘关系[9-10]。虽然前期有少量研究揭示了梭子蟹科的系统发育关系，但是它们涉及的种类较少，且多数基于核基因或者线粒体基因片段，包含的有效信息位点十分有限，因而得到的系统进化关系并不一致[11-12]。……