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基于高通量转录组测序技术的龙头鱼微卫星信息分析

2021-10-27黄新芯蒋艳琳蒋小姿杨天燕

黄新芯,蒋艳琳,蒋小姿,杨天燕

(浙江海洋大学水产学院,浙江舟山 316022)

微卫星DNA(Microsatellite DNA)又称为简单重复序列(simplesequence repeat,SSR),是生物基因组,尤其是高等生物基因组中广泛分布的以1~6 个核苷酸为基元,首尾串联而成的重复序列[1],具有遗传变异水平高、重复序列多、数量丰富、呈共显性遗传、引物具有通用性等特点[2-4]。微卫星最早发现于人类基因组中[5],有关鱼类微卫星的研究是从虹鳟Oncorhynchus mykiss 开始的,而后大西洋鲑Salmo salar、大西洋鳕鱼Gadus morhua、罗非鱼Oreochromis niloticus 等多种鱼类微卫星位点也得到了开发[6]。发展至今,高度多态性的微卫星分子标记技术已十分成熟[7],在多种水产动物群体遗传结构和遗传多样性、遗传连锁图谱构建,系统发育和亲缘关系鉴定等研究领域得到了广泛应用[8]。

龙头鱼Harpadon nehereus 俗称豆腐鱼、水潺或狗母鱼,隶属于是灯笼鱼目Myctophiformes,龙头鱼科Harpadontidae,龙头鱼属Harpadon[9],是广泛分布于印度洋和西太平洋沿岸水域的中下层鱼类,在我国主要集中于黄海南部、东海以及南海河口[10]。20 世纪80 年代以来,以龙头鱼为代表的中小型鱼类生物量呈迅猛增加趋势,已成为我国近海渔业优势种,经济地位和生态价值也得到提升[11]。然而近年来,由于海洋生态环境破坏和捕捞压力的增大,包括孟加拉湾以及我国东海在内的部分海区龙头鱼群体逐渐呈现出低龄化、小型化趋势[12-14]。如何保护与合理开发利用龙头鱼生物资源已成为亟待解决的现实问题。

已有的研究工作主要立足于通过种群的动态监测和生物学特征的测定来反映龙头鱼资源状况,从群体遗传学角度揭示其遗传多样性水平的研究报道则多以线粒体基因组序列分析为主。……

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