基于微滴式数字PCR技术对猪内源逆转录病毒拷贝数的检测方法的建立及应用
2021-10-20卢天宇高虹杨博超于佳楠徐亚新王若琳秦
卢天宇高 虹杨博超于佳楠徐亚新王若琳秦 川
(中国医学科学院医学实验动物研究所,北京协和医学院比较医学中心,国家卫生健康委员会人类疾病比较医学重点实验室,国家中医药管理局人类疾病动物模型三级实验室,北京 100021)
在临床实践中,可供移植用的人类组织器官目前仍面临严重的短缺问题,使用源自猪的细胞、组织或器官进行异种移植,是解决该问题的潜在途径之一[1]。猪内源逆转录病毒(porcine endogenous retrovirus,PERV)是一种C型逆转录病毒,在进化过程中以前病毒DNA的形式被整合在猪基因组中[2]。目前PERV对于体内人类细胞的感染风险尚不确定,而供体猪不能通过无特定病原体培育、早期断奶或胚胎移植等方式消除PERV,从而造成了异种移植的潜在生物安全隐患[3]。因此,精确的测定PERV在供体动物中的拷贝数,以预测PERV的感染风险,对于异种移植的临床研究及应用具有重要的意义。
传统检测PERV拷贝数通常使用Southern blot[4]、荧光原位杂交[5]以及定量PCR(quantitative PCR,qPCR)[6-7]等方法,不同的方法对PERV的拷贝数测定结果有所差异[8]。其中,最常使用的qPCR方法在每次检测时都必须进行标准曲线的制备,而单次所能够检测样品数较少,加之PERV在不同来源的猪基因组中的拷贝数变化较大[9],扩增效率很难保证一致,易造成检测结果的准确性低和重复性差。
数字PCR作为新兴的技术,越来越广泛的用于核酸样品的分析,例如基因表达的检测[10]、病毒拷贝数的分析和绝对定量分析[11-13]以及拷贝数变异分析[14]等。相比于qPCR技术,使用数字PCR技术进行绝对定量分析不依赖于引物扩增效率,不需要使用标准品,可以直接测定出样品中目标基因的拷贝数,极大地减少了技术干扰,是真正意义上的绝对定量[15]。……
