李静超，佘 容，杨晓燕,2,3

（1大理大学东喜玛拉雅研究院，云南大理671003；2中国三江并流区域生物多样性协同创新中心，云南大理671003；3大理大学三江并流区域生物多样性保护与利用云南省创新团队，云南大理671003）

0 引言

作为人类赖以生存和发展的基础，土壤拥有丰富的微生物资源，其数量巨大、种类繁多。据估算，1 g土壤中有数千乃至数万种、约数十亿个微生物个体[1-5]。土壤微生物是土壤生态系统的重要组成部分，在土壤的物质循环和能量流动、生态平衡以及植物的养分转换中发挥着举足轻重的作用[6-8]。因此，土壤微生物受到了土壤学、生态学、微生物学等领域学者的普遍重视，逐渐成为当代生命科学中最前沿的研究内容之一[9]。

过去，土壤微生物的研究一般是通过传统培养法进行，但目前能够使用培养方法培养的土壤微生物只占其总量的0.1%～1%[10]。依赖培养法获取的信息有限，不能完全反映样本中微生物群落的真实状况，而这会导致对微生物的认知局限性[11]。随着科学技术的进步，特别是以DNA为基础的分子生物学技术以及454焦磷酸测序仪的问世（2005年），测序技术迅速发展，其通量和读长都得到了极大的改善，而以此为基础发展起来的宏基因组技术也越来越受到微生物研究者的青睐[12]。宏基因组(metagenome)也称环境微生物基因组或元基因组，是环境中全部微小生物（目前主要包括细菌和真菌）DNA的总和[13]。宏基因组技术不依赖传统的微生物分离培养过程，以高质量的样品总DNA为研究材料，以DNA深度测序和功能基因筛选为研究手段，实现了对各样品内微生物群落多样性、物种丰度、基因功能以及代谢通路的分析[14]。……