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基于生物信息学探讨甲状腺功能亢进与骨质疏松间的作用关系*

2021-09-28李志超谭国庆徐展望薛海鹏

现代中医药 2021年5期
关键词:数据库生物功能

李志超 谭国庆 徐展望 薛海鹏**

(1.山东中医药大学,山东 济南 250000;2.山东中医药大学附属医院,山东 济南 250000)

甲状腺功能亢进是临床常见内分泌性疾病,甲状腺功能亢进症引起骨量减少,增加骨折风险已得到公认[1]。甲状腺素主要通过作用下丘脑-垂体-甲状腺轴实现对骨系统的内分泌调控[2]。在骨骼发育成熟过程中,成骨细胞的骨形成及破骨细胞的骨吸收之间保持动态平衡,普遍认为甲状腺功能亢进症时高水平的甲状腺素会加快骨转换速率,造成骨代谢紊乱,促进骨吸收造成骨质疏松[3]。应用生物信息学整合甲状腺功能亢进及骨质疏松的基因数据,不仅能较为科学的从分子层面阐述甲状腺功能亢进与骨质疏松间的影响机制,而且也为药物同时干预两种疾病提供了理论基础。

1 材料和方法

分别以骨质疏松及甲状腺功能亢进为关键词在相关疾病数据库(Disgenet、TTD、OMIM、Drugbank、Genecards)中筛选相关靶点,其中Disgenet筛选评分≥0.3,Genecards筛选相关度≥5。将两组基因通过uniprot数据库转换成uniprot ID进行去重整合,获得已明确的疾病靶点。然后将两组靶点映射取得韦恩图,将得到的关键靶点通过string数据库制作靶点间相互作用PPI网络。将PPI网络TSV格式导进Cytoscape3.7.2,筛选节点连接度(degree)≥35的靶点制作核心靶点图。通过基因功能注释DAVID 数据库进行GO(Gene Ontology)生物过程富集分析以及 KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路分析使基因信息可视化,分别将筛选出的前20个GO条目与KEGG条目,依据Omicshare云平台制作高级气泡图。

2 结果

经过基因库搜索、转换ID查重整合后共选出与骨质疏松症和甲状腺功能亢进相关基因875个和271个。……

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