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胃腺癌患者肿瘤组织中免疫细胞浸润的生物信息学分析

2021-09-23曾静媛李炜梁雨何诚成罗玉娇赵文静罗波毛樱逾郑小莉

中国老年学杂志 2021年18期
关键词:分析

曾静媛 李炜 梁雨 何诚成 罗玉娇 赵文静 罗波 毛樱逾 郑小莉

(西南医科大学 1护理学院,四川 泸州 646000;2基础医学院;3德阳市中江县人民医院急诊科;西南医科大学 4临床医学院;5教务处·高教研究所)

胃癌位居2018年中国癌症发病率第三位,仅次于肺癌和乳腺癌〔1〕。其发病与饮食习惯、Hp感染、机体免疫功能、种族、地理环境有关〔2〕。胃腺癌是胃癌最常见的组织类型,由于胃腺癌的发病机制目前尚不十分清楚,因此对胃腺癌的早期诊断率也仍较低〔3〕。胃腺癌的预后与其病理分期、组织类型〔4〕、生物学行为以及治疗措施有关〔5〕。

肿瘤是机体正常细胞恶变而来,特点是不断增殖并在体内转移。肿瘤细胞分泌或细胞溶解后产生的一些物质,称为“新抗原”,可招募免疫细胞对肿瘤细胞进行杀伤、清除。这是目前肿瘤免疫治疗方法之一〔6〕,如:单克隆抗体免疫检查点抑制剂(PD1/PDL1)治疗胃癌。本研究中,我们从肿瘤免疫微环境(TIME)角度出发〔7〕,通过生物信息学方法,分析22种免疫细胞在正常组织和肿瘤组织中浸润的差异〔8〕,试图找到胃腺癌患者肿瘤组织中浸润的关键免疫细胞。

基因表达汇编(GEO)数据库中有分析正常组织与肿瘤组织差异表达的基因芯片,下载数据表后,利用Perl语言将探针转换成基因后进行数据矫正,转换为矩阵,再通过CIBERSORT软件反卷积法计算肿瘤组织和正常组织中22种免疫细胞的组成情况并量化特定免疫细胞的丰度值〔9〕。Perl软件处理的矩阵再次转换为样本与免疫细胞的矩阵,R软件进行分析并找出胃腺癌组织中浸润的关键免疫细胞,Graziosi等〔10〕研究表明肿瘤组织中浸润的免疫细胞与临床预后密切相关。……

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