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全长转录组测序技术解析不同转移性能肝癌细胞系的转录本表达谱与结构变异

2021-09-15杨淑欣彭民武罗娟娟徐景祥万绍贵

赣南医学院学报 2021年8期
关键词:肝癌差异分析

杨淑欣,彭民武,罗娟娟,徐景祥,万绍贵

(赣南医学院基础医学院分子病理中心,江西 赣州 341000)

肝癌是一类发病率高、死亡率高的恶性肿瘤,也是全球范围内最常见的癌症之一,而肝细胞癌是原发性肝癌中最主要的亚型[1]。中国是全球肝癌发病率最高的国家[2],同时肝癌在我国常见肿瘤中发病率位居第二[3]。尽管肝细胞癌的治疗取得了巨大进展,但由于术后复发和转移率高,5年生存率仅为15%~30%[4]。常见的肝内和肝外转移是导致肝细胞癌患者临床预后不良的主要原因[5]。因此,揭示肝癌转移的分子机制对改善其临床治疗具有重要意义。

可变剪切是一种关键的转录后基因表达调控方式,有助于扩大蛋白质种类复杂性和调控mRNA代谢[6-7],研究报道mRNA的可变剪切在多种肿瘤中能够改变蛋白质组的多样性,异常的可变剪切参与肿瘤细胞增殖和转移的调控过程,在肿瘤发生、发展、药物治疗及耐药等方面发挥重要作用[8-10]。ARHGEF2基因的可变剪切转录本V1和V3变体与肝癌的转移和预后密切相关,提示可变剪切调控可能是肝癌转移的重要分子机制[11]。

高通量测序技术的发展促进了关于肿瘤基因变异的相关研究,该技术为研究者在基因表达差异、可变剪切和新转录本鉴定等研究提供极大的便利[12-13]。尽管高通量测序以前所未有的准确度和深度提供了巨大的测序能力,然而,传统的二代测序技术由于短读长的特点,其测序数据需要通过生物信息学算法拼接来分析可变剪接,因此无法完全准确地反映全长剪接转录本的序列和定量表达情况[14-15],这一缺点将限制其在肿瘤中对可变剪接的大规模研究和转化应用。……

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