王莉莉，吴文娟（同济大学附属东方医院南院检验科，上海 200123）

感染性疾病是临床常见病之一，若不及时诊断治疗，极有可能进展为脓毒症，造成患者多器官功能衰竭，甚至死亡。对引起感染的微生物进行鉴定是患者成功治疗、康复和安全的关键。目前，传统的病原学诊断方法主要是鉴定标本中的活微生物，其培养时间长且难以检测苛养菌、胞内菌、病毒等病原体。常见的分子诊断技术包括基于核酸的诊断（如普通PCR 检测和多重PCR 检测）［1-2］、微阵列芯片［3］、液滴数字PCR 技术（digital droplet PCR，ddPCR）［4］等，但这些诊断技术不适用于复杂或包含多种微生物的临床标本。宏基因组下一代测序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）一次运行可同时得到几百万到几千万条核酸分子的序列，从而对标本中所有病原体，尤其是复杂感染性疾病中少见、新发或不典型的病原体进行鉴定和分型，具有敏感性高、精确性强、检测时间短等优势。该技术已被广泛应用于各种临床标本，如血浆、脑脊液、泪液及支气管肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid，BALF）等。结合血浆标本的无创性、易获得性和mNGS的高灵敏、高通量，血浆微生物游离DNA（microbial cell-free DNA，mcfDNA）mNGS在改善感染性疾病的诊断和治疗方面显示出广阔的应用前景。

1 血浆mcfDNA 概述

1948年，Mandel和Metais 首次报道了来自患者或健康人体细胞释放到体液中的游离DNA（cell-free DNA，cfDNA）［5］。在健康个体中检测到的血浆cfDNA 浓度差异很大，通常为0～100 ng／mL，有时甚至超过1 500 ng／mL。在某些疾病状态下，尤其是炎症性疾病（如系统性红斑狼疮、癌症）和感染性疾病（如脓毒症），cfDNA 的浓度有所增加［6］。cfDNA以多种形式存在于循环中，包括核基因组、线粒体基因组和微生物基因组的片段［7］。……