基于生物信息学分析miR-130b-3p在肾透明细胞癌中的表达、靶基因及预后价值①
2021-08-21邹元章卢俅陈兵海江苏大学附属医院泌尿外科镇江212001
邹元章 卢俅 陈兵海(江苏大学附属医院泌尿外科,镇江212001)
miRNA是长度约为22个碱基的一类非编码单链小分子RNA,可通过结合mRNA靶基因的3'非编码区(3'UTR)导致靶标降解或抑制该mRNA翻译[1]。miRNA通过负调节细胞过程相关基因参与细胞周期调节、应激反应以及细胞分化、增殖、侵袭、迁移和凋亡等过程[2-4]。因此,miRNA涉及细胞内信号转导通路的多个方面。近年,miRNA在人类疾病尤其肿瘤中的作用不断被揭示,研究已表明大量miRNA在肿瘤组织中异常表达,并在肿瘤发生发展过程中起重要作用[5-6]。
miR-130b-3p(曾为hsa-miR-130b)位于人染色体22q11.22区,研究显示,miR-130b-3p在乳腺癌、膀胱癌、胰腺癌等多种肿瘤中表达异常,并参与肿瘤发展,有望成为以上肿瘤治疗靶点及预后生物标志物[7-10]。此外,研究报道,miR-130b-3p在肾透明细胞癌(renal clear cell carcinoma,KIRC)组织和细胞系中表达上调,且可促进肾癌细胞迁移、增殖,抑制其凋亡,因而有望成为KIRC的诊断标志物和治疗靶点[11]。但miR-130b-3p在KIRC中的调控靶基因和预后价值尚未明确。因此,本研究通过生物信息学方法分析miR-130b-3p在KIRC中的表达水平、靶基因及预后意义,为进一步探索miR-130b-3p在KIRC中的作用机制和临床应用提供理论基础。
1 材料与方法
1.1 miR-130b-3p的注释信息查询miRBase数据库是在线开放的microRNA序列和注释资源库,其最新版本包含来自271个生物的miRNA序列,包括38 589个miRNA前体和48 860个成熟体[12]。采用miRBase数据库查询miR-130b-3p在不同生物中的序列和注释信息。
1.2 miR-130b-3p在肿瘤组织中的表达分析db-DEMC2.0数 据 库(https://www.picb.ac.cn/db-DEMC/)整合了GEO和TCGA数据库的209个数据集,储存了在36种肿瘤中差异表达的2 224个miRNA。UCSC(https://genome.ucsc.edu/)数据库包含TCGA和GDC的肿瘤数据,可提供数据下载和实现数据在线可视化。……
