基于TCGA数据分析CX43表达在胶质瘤中的临床意义及其与免疫细胞浸润的关系
2021-08-01郑建涛
癌变·畸变·突变 2021年4期
郑建涛,杨 勇,周 东,*
(1.华南理工大学医学院,广东 广州510006;2.广东省人民医院/广东省医学科学院,广东广州510080)
胶质瘤是最常见的原发性颅内恶性肿瘤,占脑肿瘤的50%左右。目前针对胶质瘤标准的治疗方案主要为最大安全范围的手术切除联合术后放疗和化疗,但是在标准治疗方案下,胶质瘤患者的预后依然不佳,5年生存率约为10%。2016版WHO中枢神经系统肿瘤分类首次将分子病理类型纳入胶质瘤病理诊断,其中异柠檬酸脱氢酶(isocitrate dehydrogenase,IDH)突变、1号染色体短臂和19号染色体长臂(1p/19q)共缺失的患者预后较好,是胶质瘤重要的预后指标。然而不同分子病理分型胶质瘤的发生机制尚未完全明确,因此探索其中潜在的基因差异表达具有重要意义。
连接蛋白43(connexin 43,CX43)是重要的连接蛋白之一,以缝隙连接或半通道的形式参与肿瘤微环境的调节。在胶质瘤领域,目前在基础试验中发现CX43的表达增加可促进肿瘤细胞生长及侵袭。然而关于CX43
基因与神经胶质瘤临床病理特征及免疫微环境间的报道较少。本文旨在利用生物信息学的方法探索CX43
基因表达与胶质瘤病理特征、预后的关系及其在肿瘤免疫微环境中的作用。1 材料与方法
1.1 样本来源
通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA,https://portal.gdc.cancer.gov/)下载TCGA胶质瘤患者RNA-Seq表达谱数据及临床相关数据。剔除数据不完整的部分样本,最后纳入分析的病例共592例,其中低级别胶质瘤(lower grade glioma,LGG)组包含WHO II级和III级共449例,IV级为胶质母细胞瘤(glioblastoma multiforme,GBM)组共143例。
同时回顾性收集广东省人民医院神经外科2019年4月—2020年4月胶质瘤患者术后石蜡标本切片及临床信息共34例。……
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