熊 钢，彭英海，向先嘉，周先文,，王 佩，曾 丹，胡亚洲，王晓清

（1.湖南生物机电职业技术学院 生态养殖协同创新中心，湖南 长沙 410127；2.湘西土家族苗族自治州畜牧水产事务中心，湖南 吉首 416000；3.湖南农业大学，湖南 长沙 410128）

湘西呆鲤[1]（Cyprinus carpiovar. Xiangxi）是湖南省湘西山区农民在长期的稻田养鱼模式中选育出的一个地方鲤鱼品种，该鱼具有适应性强、抗病力强、鱼性温顺、逃逸率低等特点。近年来，湘西土家族苗族自治州畜牧水产事务中心与湖南农业大学动物科学技术学院合作开展了湘西呆鲤品种的繁殖、保种和选育推广工作，以提高“湘西呆鲤”良种的生产能力和质量水平[2]，为稻田综合种养技术的发展提供了有力的技术支撑。

线粒体全基因组（mtDNA）具有广泛的种内和种间多态性，为母性遗传，亲缘关系较近的物种之间的进化比核基因进化速度快，是从分子水平研究种群遗传学和进化遗传学的理想对象[3]。而且，脊椎动物线粒体DNA具备结构紧密、无重组、编码效率高、进化速率快和无组织特异性等特点，广泛地应用于系统发育、物种分类和群体遗传进化等领域中[4]。例如：曲宪成等[5]和孙超等[6]以线粒体COI基因为对象分别研究了千岛湖细鳞鲴和光滑河蓝蛤的遗传多样性；颉晓勇等[7]以线粒体Cytb和D-loop基因分析了罗非鱼选育群体遗传结构，胡晓天等[8]则基于线粒体ATP6基因序列研究了30种作物的系统发育。基因测序技术的发展为线粒体全基因组测序提供了更为便捷的方法，例如毛明光等[9]通过二代基因测序技术获得了太平洋鳕（Gadus macrocephalus）线粒体基因组全序列。……