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喉鳞状细胞癌m6A相关基因预后预测模型的构建及分析

2021-07-09韩弈垣王雪梅曹晓林

医学研究杂志 2021年6期
关键词:差异模型

韩弈垣 王雪梅 贺 晴 曹晓林

喉癌是常见的头颈部恶性肿瘤,喉鳞状细胞癌(laryngeal squamous cell carcinoma,LSCC)是其最常见的病理类型,约占总发病数的95%[1]。我国喉癌发病数和死亡数占癌症总发病和总死亡的比例分别是 0.67%和0.57%,标化发生率和病死率分别为1.3/10万和0.7/10万,且男性发生率和病死率远高于女性[2,3]。在过去的10年中,尽管LSCC的诊断技术及治疗方案不断改进,其5年总生存率仍从66%下降至63%[4]。因此,寻找影响LSCC患者预后的生物靶点和分子机制越来越受到重视。

N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)是在真核生物中mRNA和lncRNA甲基化修饰的常见形式,受甲基转移酶、脱甲基酶以及结合蛋白的动态调节,并参与许多重要的生理过程,例如干细胞分化和多能性,昼夜节律,胚胎发生和DNA损伤反应等[5]。目前已知的m6A相关基因包括YTHDC1、YTHDF2、YTHDC2、YTHDF1、FTO、ALKBH5、HNRNPC、METTL14、ZC3H13、KIAA1429、RBM15、WTAP和METTL3[6]。近年来有研究报道,异常的m6A修饰与头颈部鳞状细胞癌的发生及预后密切相关[7,8]。因此,本研究旨在探寻m6A相关基因在LSCC组织中的差异表达情况,并在此基础上构建出LSCC的预后预测模型。

材料与方法

1.数据下载:从TCGA数据库下载RNA-seq数据及相关临床数据,筛选标准如下:①肿瘤原发部位:喉;②病理类型:鳞状细胞癌;③肿瘤数据来源:TCGA-头颈部鳞状细胞癌;④数据类型:RNA-seq;⑤具备完整的临床信息,包括生存时间、生存状态、年龄、性别、肿瘤分级、临床分期、肿瘤范围、淋巴结转移、远处转移。经筛选共纳入123例RNA-seq数据样本(包括111例肿瘤样本及12例正常样本)及92例具有完整临床资料的LSCC患者临床数据样本。

2.m6A相关基因差异表达分析:利用Perl10.0.0软件及ensembl数据库将样本中的ensembl id转换为基因名,并整合各样本RNA-seq数据,提取所有样本中m6A相关基因的表达量。……

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