徐朋朋， 李 爽 ， 金德才， 万云洋

(1.南京普维康生物科技有限公司，江苏 南京 210017；2.中国石油大学(北京) 油气资源与探测国家重点实验室地层微生物资源与应用研究中心 非常规油气科学技术研究院，北京 102249；3.华北理工大学 实验动物中心，河北 唐山 063210；4.中国科学院 生态环境研究中心，北京 100085)

新型冠状肺炎病毒或新型冠状病毒(SARS-CoV-2，简称新冠病毒)导致的新型冠状病毒肺炎(COVID-19，简称新冠肺炎)短短几个月内在全球爆发，截止2020年5月，累计确诊已从400万上升到近2 000万例，死亡已从约30万上升到超70万人，且目前仍未有全球消退趋势。相关疫苗研制是当务之急，而对于免疫相关较为重要的是其基因组中的刺突糖蛋白(Spike glycoprotein，简称S朊)编码基因[1]。该基因已被明确报道有突变点(D614G)[2]，而随着病毒继续流行，不排除有类似D614G的新突变点产生，这对疫苗效价会有不确定影响。从2020年初中国科学家[3]公布第一条新冠病毒全基因组序列开始，几个月内，该病毒已发生抗原漂变而出现了至少6个不同基因型[4]。虽然目前确定的是该病毒全基因组整体序列变异度远远低于流感病毒[5]，但不能排除其重要的功能位点或片段发生突变的可能。截止目前，已报道在全球流行SARS-CoV-2毒株S朊区已经有14个位点发生了突变[5-6]。新冠病毒侵入人体后，单个病毒S基因在宿主体内不断复制，并在复制过程中发生随机变异。通过高深度测序，判读这些突变并研究其可能的突变规律，是目前可行的评估手段，目前尚未见国内外有相关研究。……