云飞 梁林 鲍彦彬 石雅丽 孙亚超 李永丽 兰辉

摘要 在分析现有提取微生物基因组DNA的原理和方法基础上，对SDS-NaCl法进行了改良，以商品化微生物基因组提取试剂盒提取的基因组结果为对照，利用改良的SDS-NaCl法，分别提取大肠杆菌（Escherichia coli）、枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）和金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）的基因组DNA。结果表明，改良的SDS-NaCl法提取的大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌基因组DNA的 OD260/OD280分别为1.88、1.89、1.81，浓度分别为61.67、64.32、53.22 μg/mL;而商品化试剂盒提取大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌基因组DNA OD260/OD280分别为1.85、1.87、1.83，浓度分别为64.07、58.43 、52.34 μg/mL。结果证明改良SDS-NaCl法提取的革兰氏阳性和阴性细菌的基因组DNA可用于后续试验如全基因组测序和PCR等，同时可快速获得大量的高质量微生物基因组。

关键词 细菌基因组DNA;革兰氏阳性细菌;革兰氏阴性细菌;SDS-NaCl法

中图分类号 Q933文献标识码 A文章编号 0517-6611（2021）10-0098-03

doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2021.10.026

开放科学（资源服务）标识码（OSID）：

Optimization of Methods for Genomic DNA Extraction from Bacteria

YUNFei1，LIANG Lin2，BAO Yan-bin2 et al

（1. Department of Mining Technology， Inner Mongolia University of Technology， Hohhot， Inner Mongolia 010051;2. School of Chemical Engineering and Technology， Inner Mongolia University of Technology， Hohhot， Inner Mongolia010051）

Abstract Based on the analysis of the principles and methods of genomic DNA extraction， the SDS-NaCl method was modified. The results of genomic DNA extraction by commercial genomic extraction kit were compared with those by SDS-NaCl method modified by our laboratory. The results showed that the OD260/OD280 of the genomic DNA of Escherichia coli， Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus were 1.88， 1.89 and 1.81， and the concentration were 61.67，64.32and 53.22 μg/mL respectively.The OD260/OD280 by commercial genomic extraction kit were 1.85， 1.87 and 1.83， and the concentration were 64.07，58.43 and 52.34 μg/mL respectively. The results showed that the genomic DNA extracted by the modified nacl method could be used in subsequent experiments such as whole genome sequencing and PCR， and a large number of high quality microbial genomes could be obtained rapidly.

Key words Genomic DNA;Gram positive bacterium;Gram negative bacterium;SDS-NaCl method

目前，随着高通量测序技术日益成熟，微生物全基因组DNA的完成图测序和重测序已成为微生物分子生物学与代谢组学研究中的重要手段，其中微生物基因组DNA的质量对测序结果影响很大。

目前，提取微生物基因组DNA的方法主要有液氮研磨法[1-4]、冻融法[5]、加热煮沸法[6]、碱裂解法、溶菌酶法[7-9]、SDS（十二烷基磺酸钠）法[6，10]、CTAB（十六烷基三甲基溴化铵）法[10]、Chelex-100煮沸法[11]、吸附柱法[12]、磁珠法[13-14]。

SDS-NaCl法具有裂解細菌彻底和提取基因组DNA纯度较好的特点。笔者利用改良的SDS-NaCl法，分别提取大肠杆菌（Escherichia coli）、枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）和金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）的基因组DNA（其中大肠杆菌是革兰……