姚远

天津医科大学肿瘤医院，国家肿瘤临床医学研究中心，天津市“肿瘤防治”重点实验室，天津市恶性肿瘤临床医学研究中心，胃肠肿瘤生物学研究室 300060

0 引言

胃癌是最常见的消化系统恶性肿瘤[1]，我国是世界上胃癌发病率最高的国家之一。目前，临床上针对胃癌的早期诊断方案尚未健全，因此开展特异性靶点研究对于了解胃癌发生、发展过程及临床早期诊治尤为重要，而揭示胃癌发生、发展的分子机制也对后期相关治疗具有重要意义[2]。随着生物信息学的发展和在线数据库的不断完善，根据已验证的基因表达芯片数据进行研究已成为癌症研究不可或缺的一部分。本研究中，对胃癌基因芯片GSE63121（miRNA）[3]和GSE2685（mRNA）[4]进行分析，以获得胃癌中明显差异表达的基因，并通过基因肿瘤学（gene ontology，GO）和京都基因和基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）进行富集分析，从而对差异表达基因的作用途径进行预测，在蛋白质交互作用网络（proteinprotein interaction networks，PPI）中对差异基因在蛋白水平的作用进行评估，再使用基因表达谱交互分析（gene expression profiling interactive analysis，GEPIA）数据库和TIMER2.0数据库对差异表达基因进行再一次筛选富集，以寻找胃癌的关键作用靶点。

1 方法

1.1 数据的获取

从高通量基因表达（gene expression omnibus，GEO）数据库（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）中检索到的胃癌相关基因表达芯片为GSE63121（miRNA）和GSE2685（mRNA）。在这些数据中，实验组为胃癌组织样本（样本数均大于15），对照组为正常胃组织样品。所获得的基因表达芯片数据提供了足够的信息进行生物信息学分析。其中，GSE2685数据中包含22例胃癌组织样本和8例正常胃组织样本；……