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中国肉用西门塔尔牛生长曲线参数的全基因组关联分析

2021-05-28段星海安炳星杜丽丽常天鹏杨柏高高会江俄广鑫

畜牧兽医学报 2021年5期
关键词:生长模型

段星海,安炳星,杜丽丽,常天鹏,梁 忙,杨柏高,高会江*,俄广鑫*

(1.西南大学动物科学技术学院,重庆 400715;2.中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京 100193)

纵向性状指的是表型值随着时间(生命周期、年龄、胎次等)或其他定量因素(生产水平、生理状态和环境条件等)变化的性状[1]。动物的重要经济性状如产奶性状、育肥性状和产蛋性状等都属于纵向性状[2-4]。与一般的只有单个记录的表型性状相比较而言,纵向性状更好地描述了畜禽的生长和生产规律。目前的研究通常拟合生长曲线来反映个体发育速度与成熟速率之间的相互关系[5-7],这是反映畜禽生长发育规律的主要方法之一[8-9]。这些模型一般通过几个参数来描述家畜的体重变化规律,例如成熟体重(A)、达到最大生长率的时间(b)、成熟率(K)等,这些参数度量个体整个发育时期的特性[10-11]。对于特定的群体,需通过拟合度来选择最佳模型拟合生长曲线[12]。已有的研究中,普遍假定参数(如A和K)作混合线性模型的表型,使用全基因组关联分析(genome wide association study,GWAS) 定位影响生长曲线的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)。全基因组关联分析是扫描全基因组范围内的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),以识别与目标性状变异关联的遗传变异的分析方法[13]。Das等[14]提出了一种基于随机回归的方法,该模型能够利用多个时间点之间的非加性效应和特定的协方差函数来描述SNP效应标记随时间的变化。尽管这些基于随机回归的模型是目前评估GWAS纵向性状最复杂和最灵活的工具[15-16],但它不能直接提供动物育种项目中通常需要的成熟重量(A)和成熟率(K)等生物学可解释的参数。……

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