以基因组、转录组汇总数据为基础的孟德尔随机化方法探索白癜风的发病机制
2021-05-24孟紫媛蔡明龙张学军
孟紫媛,蔡明龙,张学军
(安徽医科大学第一附属医院皮肤性病科<安徽医科大学皮肤病研究所> 安徽 合肥 230022)
白癜风(vitiligo)是一种临床常见的色素脱失性疾病[1]。研究表明,遗传因素在白癜风的发病机制中起到了十分重要的作用,然而部分基因对疾病发生发展起的作用仍未阐明。
目前,医学研究的一个主要目的是发掘疾病的危险因素,一旦有效地识别出危险因素,就能对其进行预防或靶向治疗。孟德尔随机化(MR)研究方法是一种以孟德尔独立分配定律为基础进行流行病学研究设计和数据分析的方法,旨在研究暴露是否与疾病结局有因果关系[2]。
1.研究方法
1.1 方法概述
本研究通过孟德尔随机化方法将与暴露具有强相关关系的遗传变异作为工具,以GWAS、eQTL 的汇总数据为参考依据,通过等位基因的随机分配在暴露上的映射实现对暴露的随机化,旨在分析鉴定白癜风的功能相关基因。
1.2 汇总数据
GWAS 汇总数据来自最大的白癜风GWAS 荟萃分析数据,该数据由2853 例病例和37405 例健康对照组成(可在https://www.ebi.ac.uk/gwas/中获得)。经过质量控制后,剩余9068712 个变体用于进一步分析[3]。在我们的研究中使用的5 个eQLT 数据(3 个血液eQTL 数据和2 个皮肤eQTL 数据)来自3 个欧洲人群研究,Westra eQTL[4],CAGE eQTL[5],GTEx 项目[6]。
1.3 SMR 和HEIDI 方法
基于汇总数据的孟德尔随机化法(Summary databased Mendelian randomization method,SMR),是推断与暴露密切相关的遗传变异对结局的因果关系的工具[7]。SMR 的另一个优势是可以集成两个独立样本的数据。HEIDI(heterogeneity in dependent instruments)方法旨在区分多效性与连锁性。例如,连锁不平衡中的两个不同变异分别独立地影响基因表达和白癜风易感性。……
