智 鹏，张皓旻，王毅兴，迟小华，陈浩然，陈熙勐，张钧栋，李卓阳，刘格良，杨 波，叶 芳，卢学春

新型冠状病毒肺炎（coronavirus disease 2019,COVID-19）疫情仍未结束，全球多个国家均出现了确诊和疑似病例[1]。COVID-19患者病情进展快，预后差，病死率高，给患者临床诊疗带来巨大挑战[2]。研究表明，严重急性呼吸综合征冠状病毒（severe acute respiratory syndrome coronavirus,SARS-CoV）与严重急性呼吸综合征冠状病毒-2（severe acute respiratory syndrome coronavirus-2,SARS-CoV-2）序列高度同源且体内结合位点一致[3]。生物信息学分析与药物预测发现，西多福韦对严重急性呼吸综合征（severe acute respiratory syndrome,SARS）具有潜在治疗作用，且治疗靶点与mTOR、IL-17等信号通路有关[4-5]。据此推测西多福韦对SARS-CoV-2可能具有类似作用。为探明西多福韦治疗COVID-19的潜在分子机制，本研究采用生物信息学方法，筛选关键治疗信号分子及通路进行研究，以期为COVID-19临床治疗药物选择提供指导。

1 资料与方法

1.1 数据筛选与提取 本研究以“cidofovir”为关键词，在基因表达数据库（gene expression omnibus,GEO）中检索，筛选至少包含3个生物学重复且物种为人或小鼠的数据，将西多福韦治疗组设为实验组，未治疗组设为对照组。

1.2 差异表达基因识别 在bioconductor网站（http//:www.bioconductor.org）下载R语言程序，利用 Impute 程序包对已获取的基因表达谱进行归一化处理。利用注释包对数据注释，将探针对应到基因上进行匹配（若多个探针对应一个基因，则取多个探针表达量的平均值作为该基因的表达量）。利用Impute 程序包将基因注释结果与表达量整合，得到2组数据集的基因表达谱，用于后续分析；利用 Limma 程序包，以|logFC|＞1，FDR＜0.05作为阈值，筛选实验组与对照组的差异表达基因。

1.3 富集分析 采用基因本体论 （gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）对差异表达基因进行富集分析。……