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基于刚毛柽柳转录组测序的EST-SSR标记识别与开发

2021-05-12李佳彬张雅楠贾媛媛田芸芸党振华

草业科学 2021年4期

李佳彬,黄 蕾,张雅楠,贾媛媛,田芸芸,张 雷,党振华

(1. 内蒙古大学生态与环境学院 / 蒙古高原生态与资源利用教育部重点实验室 / 内蒙古草地生态学重点实验室,内蒙古 呼和浩特010021;2. 内蒙古大学生命科学学院 / 牧草与特色作物生物技术教育部重点实验室,内蒙古 呼和浩特 010021;3. 内蒙古自治区林业科学研究院,内蒙古 呼和浩特 010010;4. 内蒙古大青山森林生态系统定位观测研究站,内蒙古 呼和浩特 010010)

刚毛柽柳(Tamarix hispida)是中亚的广布木质盐生植物,是柽柳科(Tamaricaceae)柽柳属(Tamarix)最耐盐碱的种类之一,常分布于我国荒漠或半荒漠地带的盐土或低湿沙区[1]。它不仅在水土保持、防风固沙和绿化造林方面具有重要的生态价值,丰富的营养与化学成分还赋予其很高的药用和经济价值[2-3]。目前对刚毛柽柳的研究主要集中在形态解剖[4]、群落生态[5]、生理生态[6-7]、植物化学[8]、分子生态[9-10]等方面。然而,作为荒漠地区的主要资源树种,对其适应生境的内在分子基础还知之甚少,亟需深入了解和研究,以进一步挖掘蕴藏在该物种中的特有遗传资源。

SSR (simple sequence repeat),即简单序列重复,指重复基序为1~6 个核苷酸的串联重复序列,广泛分布于真核生物基因组中,每隔10~15 kb 就存在1 个SSR 位点[11]。目前,SSR 分子标记已被用于遗传图谱的构建、遗传多样性分析、品种鉴定及分子育种等研究领域[12-14]。依据SSR 在基因组中的分布,可将其分为基因组SSR 和表达序列标签SSR(EST-SSR)[15]。基因组SSR 位于基因组非编码区,通常情况下,等位基因数目及多态性均相对较高,而EST-SSR 由于位于基因编码序列内部,具有相对保守的特点。……

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