影响非远处转移性胃癌预后相关miRNA网络图构建
2021-04-23胡仁旺龚建平
胡仁旺, 龚建平
华中科技大学同济医学院附属同济医院胃肠外科,湖北 武汉 430000
胃癌是常见的消化系统肿瘤,晚期预后较差[1-2]。对于非远处转移性胃癌,目前的主要治疗方法仍为手术治疗。近年来的研究发现,影响患者术后总体生存率的因素不仅与患者的病理分期有关,还与预后相关的基因表达有关,如各种mRNA、miRNA、lncRNA等[3-5]。miRNA是一种内源性非编码小RNA,通过与其靶基因mRNA结合从而发挥生物学功能。miRNA虽然不直接参与蛋白的合成,但其对于靶基因mRNA具有很重要的调控作用,如调控肿瘤细胞的增殖、侵袭等功能[6-7]。TCGA数据库是目前最大的肿瘤数据库,目前得到很多高质量文献的引用[8-9],包含大量的患者临床信息和基因测序信息,其中就包括本文所关注的miRNA的表达信息。临床工作中对患者的miRNA进行全基因组测序,不仅价格昂贵,而且样本量不大,常局限在几例或几十例范围之内,因此得出的结果有时会存在误差。TCGA数据库是一个实时更新患者临床信息的公开数据库,因此对其进行miRNA的相关分析,结果较为可靠,且可作为后期临床针对性筛选miRNA的参考,因此具有一定的临床意义。
1 材料与方法
1.1 数据来源通过TCGA数据库下载非远处转移性胃癌患者的临床信息和miRNA表达信息,通过R软件将二者合并,并删除临床信息缺失的患者信息。通过三个miRNA数据库(miRDB数据库、miRTarBase数据库、TargetScan数据库)下载其miRNA对应的靶向基因mRNA的信息,并对三个数据库取交集合并。
1.2 分析思路首先筛选出正常组织和肿瘤组织之间差异表达且具有统计学意义的mRNA和miRNA,然后通过生存分析筛选出影响患者术后总体生存率的miRNA,并对这些miRNA进行多因素Cox回归分析,筛选出独立影响患者预后的miRNA。……
