基于GEO数据库的克罗恩病差异表达基因生物信息学分析
2021-04-23王嘉源郭远美董卫国
王嘉源, 郭远美, 董卫国
武汉大学人民医院消化内科,湖北 武汉 430060
克罗恩病(Crohn’s disease,CD)属于炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)的一种,腹痛、腹泻和体质量减轻是常见临床表现,还可具有肠外表现,其肠道病变可发生于全消化道。在我国CD发病率并不高,但近年来患病人数呈明显增加趋势[1]。IBD发病机制尚不完全清楚,一般认为是遗传、环境、免疫和感染等多种因素相互作用共同导致疾病的发生,即具有一定的遗传易感性的个体,在外界环境对肠道微生物群的作用下激活不当的肠黏膜免疫进而引起IBD[2]。CD是一种慢性终身性疾病,呈复发-缓解交替出现,具有可致残性。目前CD尚无根治手段,主要治疗目的是控制炎症状态,减少复发,预防并发症的发生[1]。因此,有必要深入研究CD的确切发病机制并制定新的治疗策略。生物信息学分析是一种有效的探索疾病发病机制和筛选治疗靶点的方法,已经广泛应用于各种疾病的研究中[3-4]。本文运用生物信息学分析挖掘GEO数据库中收录的CD相关基因芯片,寻找差异表达基因,并对其进行富集分析,筛选出与CD发生相关的关键基因,以期为进一步探讨CD的发病机制和治疗靶点提供理论支持。
1 资料与方法
1.1 数据来源从GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载基因芯片GSE83448,由Josep于2020年6月提交,共有53个样本,包括14名正常人和39例CD患者的肠道黏膜组织的基因表达矩阵。
1.2 差异基因筛选与可视化利用GEO2R在线分析工具对GSE83448数据集样本进行分组并分析差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),以P<0.05,|logFC|(差异倍数fold change)>1.5为条件筛选得到上调、下调基因。……
