RPL35A 基因在不同月龄寒泊羊肌肉组织中的表达及其生物信息学分析
2021-04-21贺名扬刘爱菊周荣艳田树军陈晓勇
贺名扬 ,刘爱菊,张 鑫,周荣艳,田树军,白 莹*,陈晓勇*
(1.河北农业大学动物科技学院,河北保定 071000;2.河北工程大学生命科学与食品工程学院,河北邯郸 056000)
寒泊羊是以杜泊绵羊为父本、小尾寒羊为母本经过十余年培育的肉繁兼用新种群,于2014 年通过河北省畜牧兽医局组织的中试论证,该种群繁殖性能明显[1],但肉用性能选育仍停留在增重等表型层面。因此,筛选、挖掘、鉴定影响肌肉组织发育的关键候选基因有助于解析肌肉组织发育规律,为肉质性状遗传机理研究和选育提供理论依据。RNA-seq 技术可从转录水平筛选差异表达的基因,已广泛应用于畜禽动物的经济性状遗传机理研究[2-4]。
核糖体蛋白基因(RPL35A)位于人3 号染色体的q29-qter 区段,编码大亚基中的核糖体蛋白L35AE 家族中的RPL35A 蛋白。在小鼠中,该蛋白位于核糖体中的P 位和A 位或完全位于P 位,与启动因子及延伸因子相结合参与核糖体的翻译活动[5-6]。杜玉杰等[7]对大熊猫RPL35A基因及其编码的蛋白序列研究发现,RPL35A其理化性质和功能位点在哺乳动物中高度保守,对于核糖体编码蛋白质极其重要。此外,有研究表明RPL35A基因变异与再生障碍性贫血有关[8-11]。Pappas 等[12]研究发现60S 核糖体亚单位的L35a 和40S 核糖体亚单位的S5 表达受分化鼠类红白血病细胞的共同机制调节,导致核糖体功能下降。目前,RPL35A基因在畜禽领域的研究报道很少。本团队前期研究利用转录组测序方法筛选到RPL35A基因为不同月龄寒泊羊mRNA 差异表达基因(未发表),为此,本研究利用定量PCR 验证转录组测序得到的RPL35A基因表达,并利用生物信息学分析RPL35A基因的核苷酸及蛋白质结构及其特性,为探究寒泊羊RPL35A基因与绵羊肌肉生长发育相关性提供参考。……
