武建楠，陈肯，王欢，庞铂实，周宇荀，肖君华，李凯*

（1.东华大学化学化工与生物工程学院，上海 201620；2.上海农林职业技术学院，上海 201699）

单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP） 是由单碱基突变引起的DNA 序列多态性， 作为新一代遗传标记具有数量丰富、分布广泛和覆盖度高等特点[1]。 与其他分子标记相比，SNP 标记在基因分型过程可以做到高度自动化、高通量检测[2]，已成为包括玉米在内的二倍体植物研究中的首选标记类型[3]。 2010 年滑峰等[4]发现CYP2A12基因的同源序列对SNP 分析产生严重影响。异源多倍体SNP 开发与鉴定的困境主要在于靶区段常存在大量同源序列， 存在SNP、部分同源序列变异（Homoeologous sequence variant,HSV）[5]和旁系同源序列变异（Paralogous sequence variant,PSV）[6]等多种变异类型。 在多倍体遗传研究中，80%以上假阳性SNP 是HSV 和PSV 而不能用于开发遗传标记[7]。

多倍体物种SNP 分型的常用技术包括Sanger 测序、SNP 芯片、 竞争性等位基因特异性PCR（Kompetitive allele-specific polymerase chain reaction，KASP）等。然而，它们依赖特异性扩增或特异性杂交， 而多倍体物种亚基因组间高度同源， 靶向特异性大大降低。 第二代测序（Next generation sequencing，NGS） 技术的发展使得测序费用大幅度降低，测序效率极大提高。 目前已有研究者尝试采用生物信息学方法区分多倍体SNP 和HSV（也称部分同源SNP），即通过不同的过滤方法[8]识别并消除部分同源SNP。 该方法在不同倍性的物种如花生（异源四倍体）、小麦（异源六倍体）和草莓（异源八倍体）的模拟数据中均表现出很高的准确性[9]，有望得到广泛应用。

本研究的对象为异源四倍体陆地棉（Gossypium hirsutumL.），是由亚洲棉（G. arboreum，AA）和雷蒙德氏棉（G. raimondii，DD）杂交加倍而来[10]。在A12 染色体上随机选取了3 个靶标区段，并对136 个陆地棉样本的DNA 用多重PCR 靶向扩增子测序[11]。……