A549细胞上皮-间质转分化中差异表达基因的生物信息学分析
2021-04-12
郑州大学公共卫生学院尘肺病教研室,河南 郑州 450000
肺纤维化是一种慢性、进行性和具有破坏性的肺间质性疾病。在我国,肺纤维化的发生常与环境和职业、高龄、吸烟等因素相关。各种致病因素导致肺泡结构破坏、炎症细胞的浸润、成纤维细胞增殖和分化、细胞外基质(extracellular matrix,ECM)异常沉积,从而造成正常肺组织破坏,肺功能受损[1]。肺纤维化的预后极差,治愈率非常低,确诊后患者的平均存活期只有3~5年[2]。近年来,随着研究的不断深入,发现肺上皮细胞的上皮-间质转分化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)在肺纤维化发生过程中具有重要的作用[3-4]。EMT 是指上皮细胞失去细胞紧密排列、缺乏运动能力、具有基底极性等上皮细胞特性,进而转化为具有细胞连接疏松,获得迁移能力以及丧失细胞极性的间质细胞特性,它参与了肺纤维化相关疾病的发生发展[5]。转化生长因子-β(transforming growth factor-β,TGF-β)是一种促进纤维化的细胞因子,是导致EMT发生的主要诱导剂,它能够通过TGF-β1/Smads通路、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)通路和Wnt 通路等多个信号通路诱导肺部EMT 的发生[6]。A549 细胞保留了Ⅱ型肺泡上皮细胞的重要特征,TGF-β 能够激活A549 细胞并诱导其EMT 的发生,而这种转变伴随着与肺纤维化进展有关的功能变化[7]。TGF-β 诱导A549 细胞发生EMT 的体外模型已经成为研究肺纤维化相关EMT 的常用体外模型[8]。因此,探究TGF-β 刺激A549 细胞相关EMT 过程中差异表达基因,能够帮助了解肺纤维化相关EMT 过程中起到关键作用的基因,本研究选取基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中的基因芯片数据集GSE17708,通过生……
