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基于加权共表达网络预测结直肠癌的核心基因

2021-04-12兰燕,张旭

关键词:数据库分析

兰 燕,张 旭

(西南大学 数学与统计学院,重庆 400715)

结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是一种发生于直肠或结肠的消化道癌症,是死亡率排名第5位的恶性肿瘤[1]。结直肠癌的死亡率与地区、肿瘤有无发生转移和年龄等多种因素有关。由世界卫生组织国际癌症研究机构的统计结果可知,2008年全球结直肠癌新确诊病例是120万,因结直肠癌致死的人数在癌症死亡总人数中的占比为8%[2]。除了病灶中无腺瘤的新生结直肠癌[3]外,许多结直肠癌发生前常伴有结直肠腺瘤、炎性肠病和家族性腺瘤性息肉病等病变[4]。目前CRC的治疗方法主要有癌胚抗原、CT结肠成像和手术切除等。但由于以上治疗方法在现阶段对结直肠癌的治疗效果不好,故通过研究CRC的发病机制来预测高效的根治结直肠癌的生物标志物十分重要。近年来,许多学者对CRC的发生机制进行了研究,为其诊断和治疗带来了新的突破。Gui等[5]对数据集GSE32323采用差异表达分析、功能富集分析、蛋白互作(PPI)网络分析、药物-基因相互作用分析等方法发现基因MAP2K2,DEPTOR,NEDD9,CCND1,BCAS1和AURKA可能在CRC中起作用。Zhu等[6]对数据集GSE32323和GSE21510筛选公共差异基因(DEGs),对其进行功能富集分析、PPI网络分析和癌症分期分析得到E2F2、SKP2、MYC、CDKN1A、CDKN2B为与CRC相关的核心基因,并采用生存分析和文献法进行验证。Sun等[7]对4个基因表达谱GSE89076、GSE21510、GSE113513、GSE32323采用稳健的秩聚合方法得到差异表达基因,然后根据功能富集分析和MCODE插件的模块 分 析 可 得PPBP、CXCL3、CXCL10、CCL28、CXCL12、INSL5和CXCL11是与CRC相关的核心基因,最后通过生存分析和TCGA数据库验证核心基因。基因表达谱在之前研究中通常用正常样本和肿瘤样本的差异来识别与CRC相关的DEGs。……

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