曹小利，程莉，周万青，张之烽，张葵，沈瀚

(南京大学附属鼓楼医院检验科，南京210008)

肺炎克雷伯菌是医院和社区获得性感染的主要病原菌，主要引起尿路感染、肺炎、败血症等感染性疾病[1]。目前已知，肺炎克雷伯菌是全球主要流行的碳青霉烯耐药肠杆科细菌(carbapenem resistant enterobacteraceae, CRE)[2]。KPC-2是碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(carbapenem resistanceKlebsiellapneumoniae, CRKP)中主要的碳青霉烯酶，ST11是CRKP的主要流行克隆[3]。本研究主要对南京地区不同医院分离的3株CRKP-ST11进行基因组测序，并与上海、杭州、美国/印度的相应菌株进行基因组比对，进行基因组学特点分析，报道如下。

1 材料和方法

1.1实验菌株 在前期的研究基础上，挑取南京鼓楼医院、南京明基医院、南京医科大学医学院附属第二医院分离的3株CRKP-ST11菌株[4]，样本分别从患者血液、尿液及痰液培养中获得。细菌经基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术鉴定。本研究中CRKP定义为对亚胺培南耐药，ST11经肺炎克雷伯菌多位点序列分型确定。

1.2仪器和试剂 磁珠法通用型基因组DNA提取试剂盒DP705(北京天根公司)；NanoDrop 2000分光光度计(德国Thermo公司)；恒温震荡培养仪器ZWY-211B(ZHICHENG公司)；全自动快速微生物质谱检测系统(法国生物梅里埃公司)。

1.3基因组提取和全基因组测序 取新鲜培养的单个菌落接种至50 mL LB培养液中，37 ℃ 200 r/min过夜培养后，4 ℃、(4 000～8 000)×g离心10 min，弃上清液，细菌沉渣用无菌水洗2次后，使用磁珠法通用型基因组DNA提取试剂盒DP705，按说明书提取细菌基因组DNA，并用NanoDrop 2000分光光度计检测基因组的浓度和纯度。基因组浓度要求：DNA≥5 ng/μL；纯度要求：A260 nm/A280 nm=1.8～2.0。本项目委托广东美格基因公司进行基因组高通量测序。……