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印迹基因GRB10来源的环状RNA hsa_circ_0008334的特征分析及功能预测

2021-03-29姚文霞董志杰潘劲辉林铭珍

现代医院 2021年1期
关键词:数据库功能

姚文霞 董志杰 潘劲辉 林铭珍 蔡 华 梁 雪

环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类不含有5’端帽子和3’端poly A尾巴、由3’端和5’端共价结合形成的闭合环形RNA。作为非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)家族的成员,circRNA广泛存在于各种真核生物中[1]。早期由于科研条件的限制,对circRNA的研究还不够深入,其被认为是RNA剪接过程中的副产物[2]。近年来随着高通量测序技术的快速发展,越来越多circRNA被发现,并被报道是充满前景的生物标记物和治疗靶点[3-7]。circRNA具有细胞特异性表达[4]、耐受核糖核酸酶R(Ribonuclease R,RNase R)消化[8]等特征,在许多生物过程以及疾病发生中发挥了重要的生物学功能。目前报道的主要功能有:充当miRNA海绵[8]、调控基因转录[9]、与RNA结合蛋白相互作用[10]甚至翻译成多肽[11]等。

基因印迹是指基因表现出亲本等位基因表达的差异性,即只表达一方的亲本等位基因。生长因子受体结合蛋白10(Growth factor receptor bound protein 10, GRB10)基因即是典型的印迹基因,其编码的蛋白是属于GRB7/GRB10/GRB14家族的衔接蛋白[9]。这些衔接蛋白可识别结合多个细胞表面受体及下游信号,从而与其他蛋白产生相互作用并调控生物学过程。具体来讲,GRB10主要参与细胞增殖、细胞凋亡和代谢的调控,调控哺乳动物生长发育、原肠运动和血糖调节等[10]。

本文研究的环状RNA hsa_circ_0008334是由GRB10基因经反向剪接而成,由转录本NM_001001555的4、5号外显子组成。根据circBase数据库[11]收录信息,人类GRB10基因可反向剪接形成多个环状RNA,其中长度为365 bp的环状RNA hsa_circ_0008334被高通量测序检测到的相关研究最多、样本分布最为广泛,提示该环状RNA具有重要的生物学功能和意义。因此,本文关注到了环状RNA hsa_circ_0008334并研究了其基本特征,包括反向剪切位点、RNase R抵抗性和胞质胞核分布。……

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