努尔比亚木·麦麦提依明 吴 龙 赵 今

新疆医科大学第一附属医院牙体牙髓科，新疆乌鲁木齐 830000

牙髓是一种特殊的结缔组织[1]。牙髓也会产生炎症反应[2]。牙髓炎是影响牙髓组织的最常见的病理性疾病[3-4]。目前针对牙髓炎的诊断和治疗具有一定的阻碍[5]。细菌感染是引起牙髓炎的主要原因[6]。牙髓防御系统中可以决定牙髓炎症的程度[7]。细胞因子和趋化因子积聚可能促进牙髓炎的进展[8-9]。目前对牙髓炎的分子失调机制仍然没有达成共识。本文从GEO 数据库的两个基因表达谱中整合了牙髓炎与正常牙髓组织的差异表达基因。通过生物信息学的分析方法探究牙髓炎的关键失调基因和分子机制。

1 资料与方法

1.1 数据来源及分析

从GEO 数据库（http：//www.NCBI.nlm.nih.gov/GEO/）收集牙髓炎数据集GSE77459（2016 年2 月）和GSE9 2681（2017 年12 月）。使用“limma”R 包（version 3.40.6）进行差异分析。设定阈值P ＜0.05 和log2FC>1 获得差异表达基因（DEGs）。从蛋白质相互作用数据库（http：//string-db.org）（version 11.0）筛选只包含差异基因的数据，设置得分为>500。利用Cytoscape 3.5.1 软件进行网络分析，得到基因的连接度（degree）。

1.2 富集分析和基因集富集分析（GSEA）

使用“cluster Profiler”R 包（version 3.12.0）进行基因本体论（GO）分析。使用Cytoscape 3.5.1 分析京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路。通过Broad Institute（http：//software.broadinstitute.org/gsea/）进行GSEA，筛选KEGG 信号通路。

1.3 样本收集

各收集3 例牙髓炎及健康的牙髓组织。所有的样本均获得了患者的知情同意并获得了新疆医科大学第一附属医院医学伦理委员会批准。

1.4 实时定量PCR（qRT-PCR）

利用Trizol（Invitrogen）提取牙髓组织总RNA，并用PrimescriptTMRT Reagent Kit（TaKaRa）逆转录cDNA。通过SYBR Premix Ex TaqTM（TaKaRa）进行qRT-PCR反应。引物见表1。使用2-ΔΔCT的方法分析数据。

表1 引物序列

1.5 Western blot（WB）

通过RIPA 裂解液提取牙髓组织总蛋白。采用……