APP下载

基于高通量测序Survey评估测定雷竹基因组大小

2021-02-14杨杰芳曾庆南王海霞

竹子学报 2021年2期
关键词:检测

杨杰芳,甘 然,曾庆南, 程 平,王海霞

(江西省林业科学院,江西 南昌 330032)

雷竹(Phyllostachysviolascens‘Prevernalis’)是早竹的变种,因惊蛰出笋得名,又名雷打竹、打雷竹、燕竹、天雷竹等,笋期早、笋味鲜甜,深受市场欢迎。该竹种原产于浙江临安、余杭一带,当地有经营和食用雷竹笋的习惯,种植面积一度超6.7万hm2。近年来,随着劳动力成本不断攀升和林分退化,雷竹产业成功的向江西东北部转移,在赣东北地区已形成了7.3万hm2的稳定种植区[1]。雷竹在长期人工栽培过程中,种内产生了一定程度的遗传变异,形成了若干变异类型。目前,对其研究多在植株形态性状、竹笋产量或品质的测定等方面,较少涉及细胞学、生化以及分子生物学,分子生物学方面有运用RAPD、AFLP等标记研究雷竹不同变异类型间存在亲缘关系和遗传变异[2],但不同栽培类型可以区分,雷竹基因及其遗传多样性研究更是薄弱。为了更好的评价雷竹种质资源,对雷竹开展基因研究十分必要。

植物单倍体基因组内所含DNA的总量,称为基因组的大小,即C值。每个物种的C值是固定的,可用于评估植物的生物学特性,为其基因组和转录组学的研究提供依据,是比较和进化基因组学研究的基础。目前,测定基因组大小的方法众多,如流式细胞技术通过分析染色体组型信息推断其基因组大小,通过基因组跳槽分析预测基因组大小、重复序列及早合度等[3-5]。

研究采用低深度、高通量测序对雷竹基因组进行初步研究,采用K-mer法预测雷竹基因组大小、杂合度和重复序列等信息,为后续雷竹基因组测序和分析提供依据。……

登录APP查看全文

猜你喜欢

检测
QC 检测
小波变换在PCB缺陷检测中的应用